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El 11 de diciembre de 1988 un tanque de gas LP estalló en un puesto de comida, provocando un incendio muy cerca de la zona donde se vendía y almacenaba la mayoría del material pirotécnico que se vendería en diciembre. Murieron 61 personas y 65 más resultaron lesionadas.
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El 4 de mayo de 1998, otro incendio destruyó dos terceras partes de la nave principal dejando sólo daños materiales.
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El 27 de febrero de 2013 se registró otra conflagración que consumió cerca del 70% de la Nave Mayor y la primera etapa de reconstrucción duró cinco años. Las llamas se originaron durante la madrugada, lo que evitó que hubiera víctimas mortales.
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Desde el último incendio en 2013 hasta 2019 aún había más de 700 locatarios sin poder regresar a La Merced.
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Un incendio consumió al menos 50 puestos pertenecientes al Mercado Ampudia, ubicado en la zona norte del complejo comercial de La Merced, en al delegación Venustiano Carranza. Al menos mil 500 personas habían sido evacuadas de sus domicilios para evitar una emergencia mayor, aunque se informó que habían 16 heridos.
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La noche del 24 de diciembre de 2019 se registró un fuerte incendió en el mercado de La Merced, en la alcaldía Venustiano Carranza de la Ciudad de México, aparentemente por un cortocircuito, según los primeros reportes, el fuego inició en la zona de verduras.
Cerca de 500 metros cuadrados de la nave central, entre los pasillos 9 y 15 hasta el pasillo 4.
Este incendio dejó 2 muertos y 600 puestos calcinados. -
La Cruz Roja la Cruz Roja Mexicana atendió a por lo menos cinco personas por intoxicación, indicó el gobierno capitalino en un comunicado, ya en la madrugada del 25 de diciembre.
