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En los primeros años del siglo IX, el obispo de Iria Flavia, Teodomiro, examina el mausoleo que reconoce como el del Apóstol Santiago.
El rey asturiano Alfonso II se trasladó desde Oviedo con toda su corte y reconoció la existencia del sepulcro del Apóstol Santiago, declarándolo en ese mismo momento Santo Patrón del reino y convirtiendo el lugar en el centro de un culto capaz de aglutinar la cristiandad de Occidente frente a la expansión musulmana. -
Los españoles llegaron a Tenochtitlán el 8 de noviembre de 1519, por lo que el emperador Moctezuma recibe con grandes honores a Cortés. Después de alrededor de 3 años donde los españoles tiene una gran derrota. El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles
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Los españoles, a cuyo frente vino Alonso de Ávalos, a su llegada construyeron un nuevo pueblo a la usanza española. Ávalos recibió estas regiones como encomienda, designando a Sayula como Capital de la Providencia de Ávalos.
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Desde 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
Para el 8 de mayo de 1529 aparecen los cargos que resultan contra Hernando Cortés, estos son firmados por Nuño de Guzmán, presidente de la audiencia, y Diego Delgadillo, uno de los oidores. -
Esta expedición fue un proceso lento, ya que tenía el sentido de fundar nuevos poblados, y por lo mismo cargaba con una gran cantidad de pertrechos y bastimentos, haciendo que la movilidad fuera difícil en un territorio caracterizado por su complejidad.
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En 1529, al frente de trescientos españoles y con doce piezas de artillería, el "muy magnifico señor" Nuño Beltrán, partió de la ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Un año después de Nochistlán, Guadalajara fue movida a la zona de Tonalá.
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La Guerra de Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI.
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Nuño Beltrán llegó el 1 de abril de 1530 a Nochistlán y permaneció por tres semanas en este lugar, gustándole el clima y la condición geográfica; por lo que en el mes de diciembre de 1531, dió el mandato a su capitán de fundar la villa de Guadalajara. La orden se cumplió el 5 de enero de 1532.
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Por ordenes de Nuño Beltran, la entonces Villa se asentó de 1535 a 1540.
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Se toma posesión del Valle de Atemajac, por ser un lugar mas seguro para ser defendido. Fue fundada con 63 familias españolas.
