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Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac pero poco puede hacer por su imperio ya que muere pronto a causa de la viruela y lo sucede en el trono el joven Cuauhtémoc. Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, el “muy magnífico señor” –título que le correspondía como presidente de la Real Audiencia– Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones. El objetivo de la expedición era encontrar una civilización parecida o superior en importancia a los Aztecas, ya que nuestro protagonista tenía una gran rivalidad con Hernán Cortés.
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Hacia 1524, Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con una encomienda, más tarde conocida como Provincia de Ávalos.
Pero la conquista y la colonización definitivas de estas tierras fueron emprendidas por el licenciado Nuño Beltrán de Guzmán de la Noble Casa de los Guzmanes. -
Fue recibido pacíficamente por la hueytlatoani Itzcapilli Tzapotzinco. Fue atacado, empero, por los disidentes, y tras una dura batalla que fue ganada –a decir de los españoles– con la ayuda del apóstol Santiago el Mayor, se posesionó de Tonalá y de las poblaciones aledañas.
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El 25 de enero de 1531, desde Ocaña, la emperatriz Isabel –en ausencia del emperador Carlos I– expidió una real cédula en la cual le ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula.
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La idea de fundar la Villa de Guadalajara en Nochistlán es de Nuño Beltrán de Guzmán, quien llegó el 1 de abril de 1530 a Nochistlán, el capitán Juan de Oñate, por órdenes de Nuño de Guzmán, fundó la villa de Guadalajara en Nochistlán, en la región cazcana, dándole este nombre en honor de la patria del conquistador.
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La fundación en Tlacotán ocurrió en 1535. Desafortunadamente, en esta última colonización, los españoles llevaban una mala vida debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores.
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Fue la primera gran rebelión llevada por los indígenas caxcanes, por los maltratos e injusticias; se llama así dado a que se reunieron en un alto cerro llamado Mixtón; lo que se toma como la causa de guerra, es que fue la muerte de un encomendero español de nombre Juan de Arze, además tiempo después fue la muerte de Pedro de Alvarado.
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El 30 de septiembre de 1541, Cristóbal de Oñate convocó a sesión al Cabildo de la ciudad, para discutir el traslado al valle de Atemajac, lo cual se aprobó, no sin grandes temores por las supuestas represalias que pudiera ejercer Nuño de Guzmán.
Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac en el 14 febrero de 1542.
