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Aproximadamente en el año 3000 aC es donde se menciona por primera vez por su nombre, al primer dentista conocido: Hesi-Re a quien se refieren como "el más grande de los médicos que tratan los dientes".
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En estos primeros siglos surgió la leyenda de Apolonia, la doncella que por haberse convertido al Cristianismo fue martirizada mediante la extracción de todos los dientes y quemada viva. La endodoncia fue practicada desde el siglo 1, cuando Arquígenes describe por primera vez un tratamiento para la pulpitis: extirpación de la pulpa para conservar el diente.
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En la Playa de los Muertos, Honduras, se localizó un fragmento de mandíbula de origen maya, aproximadamente del siglo VII, que presenta tres piezas talladas en concha de caracol, colocadas en los alveólos correspondientes a incisivos. El estudio radiográfico muestra la existencia de tejido óseo de neoformación aldedor del implante, lo que demuestra que fue colocado en vida de la persona.
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Ambroise Paré, el más célebre cirujano del siglo XVI, aconseja el uso del aceite de clavo y ofrece algunas indicaciones para el diagnóstico diferencial entre la pulpitis y la periodontitis.
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Vesalius evidenciaba por primera vez la presencia de una cavidad en el interior de un diente extraído. Eustaquio, el primero en diferenciar el cemento, señaló las diferencias entre los dientes permanentes y temporales.
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Fauchard recomendaba para las cavidades de caries profundas con dolor, curaciones con mechas de algodón embebidas en aceite de clavo o eugenol. En los casos de abscesos indicaba, la introducción de una sonda en el conducto radicular para el drenaje del proceso purulento y empleaba para la obturación de los conductos el plomo en lámina.
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Bourdet, en 1757, dentista de Luis XV de Francia, empleaba el oro laminado para rellenar la cavidad pulpar
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La endodoncia se denominaba terapia de los conductos radiculares o patodoncia.
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Shearjashub Spooner en 1836, preconizaba el arsénico para la desvitalización de la pulpa.
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Edwin Maynard, de Washington D.C., fabrica el primer instrumento endodóncico, partiendo de una cuerda de reloj.
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Horace Wells descubre la propiedad anestésica del protóxido de azoe (óxido nitroso) sometiéndose a una extracción dental sin dolor.
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S. C. Barnum emplea por primera vez el dique de hule
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G.A. Bowman emplea por primera vez los conos de gutapercha para la obturación de los conductos radiculares. En ese mismo año Magitot sugiere el uso de una corriente eléctrica para la prueba de la vitalidad de la pulpa.
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Adolfo Witzel inicia el método de la pulpotomía empleando el fenol sobre la pulpa remanente.
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Elous Palmer presenta un conjunto de grapas metálicas para todos los dientes.
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Surge un nuevo concepto dado que en ese año Miller evidencia la presencia de bacterias en el conducto radicular y su importancia en la etiología de las afecciones pulpares y periapicales, iniciándose la era germicida.
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Otto Walkhoff propone el empleo del p-monoclorofenol y a partir de allí, comenzaron a usarse los más poderosos medicamentos, como también los más irritantes.
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Schreier indica una mezcla de sodio y potasio como auxiliar en el ensanchamiento y la limpieza de los conductos radiculares.
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Callahan recomendaba el ácido sulfúrico al 30% como auxiliar en el ensanchamiento y la limpieza de los conductos radiculares.
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El resultado del tratamiento era juzgado solamente por la presencia o ausencia de dolor, inflamación o fístula, hasta que tuvimos la primera revolución en la historia de la endodoncia, con el descubrimiento de los rayos X por Roetgen
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Adquiere gran popularidad la pasta Trío a base de formaldehído recomendada por Gysi.
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C. Edmund Kells fue el primero en utilizar los rayos X para verificar si el conducto radicular había sido bien obturado.
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Onderdonk recomienda el examen bacteriológico del conducto radicular antes de su obturación.
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Buckley introduce el tricresol formol o formocresol como control químico de los productos gaseosos de descomposición pulpar y como desinfectante eficaz para el tratamiento de los dientes despulpados.
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Meyer L. Rhein, médico y dentista de Nueva York introdujo una técnica para determinar la longitud radicular y el nivel de la obturación.
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En este período el diente despulpado pasó a ser denominado "diente muerto" no solo entre los legos, sino también entre médicos y dentistas.
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Herman en 1920, introducía el hidróxido de calcio en la endodoncia.
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Investigadores tales como Callahan, Grove, Coolidge, Fish y McLean, Okell y Elliot, Burchet y Burn, a través de pruebas radiográficas, bacteriológicas e histopatológicas, trataban de combatir los ideales de los radicales.
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Es en plena Era Biológica que Walkhoff sustituía el p-monoclorofenol por el p-monoclorofenol alcanforado,Coolidge resaltaba las propiedades irritantes del eugenol.
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Hess, señala "el papel del endodoncista es el de ayudar a la naturaleza y no el de ignorarla o contrariarla"
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Fish produce un foco de infección artificial en maxilares de cobayos con estreptococos y estafilococos. Las alteraciones tisulares y óseas observadas, fueron encuadradas por el autor en cuatro zonas bien definidas: zona de infección, contaminación, irritación y estimulación
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Kuttler dice que la tendencia es revisar y comparar las técnicas, con la finalidad de elegir las mejores y más simples, suprimiendo de la práctica endodóncica lo superfluo y lo innecesario, para que su realización sea más rápida, menos complicada y más accesible al profesional y al propio paciente
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Un grupo de profesionales se reunió en Chicago, formaron la organización American Association of Endodontists.
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La American Dental Association reconoció a la endodoncia como especialidad.
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En los últimos años ha sido notoria la influencia que la tecnología ha tenido en la práctica de la endodoncia. A tal grado ha sido así que tanto las técnicas de procedimientos tan comunes como la conductometría, la preparación biomecánica como la obturación de los conductos tienen que ser reaprendidas por los endodoncistas veteranos puesto que la técnica ha introducido instrumental, aparatología y materiales novedosos.