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Menor de trece hermanos, hijo de Beltrán Yáñez de Oñaz y Loyola y Marina Sáez de Licona y Balda. Nació en el valle de Loyola, España el 23 de octubre de 1491.
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Se produjo una incursión de tropas franco-navarras que venían de Baja Navarra, cuyo objetivo era reconquistar y expulsar a los invasores.
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Siendo ya capitán, Ignacio recibió una grave herida, una bala de cañón pasó entre sus piernas rompiéndole una e hiriéndole la otra, mientras defendía Pamplona de los franceses.
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Luego de sus operaciones que le dejaron cojo, se retiró a hacer penitencia y oración a Montserrat y Manresa, donde se dice que empezó a elaborar el método ascético de los Ejercicios espirituales.
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Peregrinó hacía Jerusalén, y debido a su carácter impulsivo le recomendaron no quedarse en Tierra Santa, pues encontraría muchos enemigos del catolicismo en esa región.
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Regresa a España y comienza a estudiar en las universidades de Alcalá de Henares, Salamanca y París.
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El difundir el método de los ejércitos espirituales lo hizo sospechoso de heterodoxia, disconformidad con el dogma de una religión, por lo cual fue procesado, prohibiéndole la predicación y forzándole a interrumpir sus estudios.
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Se graduó como maestro en artes en París, pero no terminó sus estudios de teología. Reunió un grupo de seis compañeros con quienes compartió sus ideas y con los que sembró el germen de la Compañía de Jesús, haciendo juntos votos de pobreza y apostolado en la Cueva de Montmartre.
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La guerra contra los turcos en Palestina impidió su marcha hacer una vida religiosa, pero junto con sus seis compañeros se ofreció al papa Pablo III, quien los ordenó sacerdotes.
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El papa Pablo III aprueba la comunidad llamada Compañía de Jesús, también conocidos como Jesuitas, cuyo primer general fue San Ignacio, hasta el día de su muerte. Esta compañía tenía una estructura militar debido a los orígenes de San Ignacio, pero al servicio de la propagación de la fe católica.
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Las predicaciones de Lutero pusieron en marcha la Reforma protestante. San Ignacio configuró su compañía como "una orden moderna y pragmática, concebida racionalmente, disciplinada y ligada al papa, para el cual resultaría un instrumento de gran eficacia en la reconquista de la sociedad por la Iglesia en la época de la Contrarreforma católica".
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San Ignacio murió de una enfermedad vesicular el 31 de julio de 1556, en Roma, Italia, en una sede celda de la sede de los Jesuitas a la edad de 65.
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Fue canonizado en el año 1622 por el papa Gregorio XV, después Pío XI lo declaró Patrono de los Ejercicios Espirituales en todo el mundo.