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Durante el año de 1857 la estructura del ejército fue modificada según las siguientes órdenes: El 29 de abril se decretó que, en tanto se estructurara el ejército permanente, éste constaría de 8 Batallones de Infantería, constituido cada uno de 8 compañías, un Batallón de Ingenieros formado por cuatro compañías, 4 cuerpos de Caballería de 4 compañías cada uno, un Batallón de Artillería a píe y una División de Artillería a Caballo, cosa que fue cambiada posteriormente por el general Comonfort.
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Se considera que la Guerra de Reforma o de los Tres Años, inició a partir del 17 de diciembre de 1857, con la promulgación del Plan de Tacubaya, hasta el 1/o. de enero de 1861, con la entrada a la Ciudad de México del General Jesús González Ortega, este conflicto se libró entre los grupos conservador y liberal. En esta batalla se vieron involucrados 2 bandos políticos, los Liberales y los Conservadores.
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En la Ciudad de México se preparó una siblevación bajo el nombre del “Plan de Tacubaya”; fueron el 1/er. Batallón de Ingenieros, a las órdenes del Coronel Domingo Nava, el Batallón Ligero Activo de México, al mando del Coronel Marcos Esnaurrízar y dos Baterías de Artillería a las órdenes del Coronel Zeferino Rodríguez, fuerzas que sumaron un efectivo de aproximadamente 1200 elementos de tropa y estuvieron al mando del General Félix Zuloaga. Después de esto, ocurrieron cambios en todo México.
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Después de ser liberado el 11 de enero de 1858,Don Benito Juárez salió de la capital, ya que por ministerio de ley según la Constitución de 1824, y al tener el cargo de Presidente de la Suprema Corte de Justicia, en ausencia del Presidente de la República, le correspondía la responsabilidad de dirigir al país, por este motivo se trasladó a Querétaro y luego a Guanajuato, en donde el 19 de enero estableció su gobierno, posteriormente se dirigió a Guadalajara, donde estuvo a punto de ser fusilado.
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El 23 de diciembre de 1858, apareció una tercera fracción diferente de los liberales y los conservadores, liderado por el General Miguel María Echegaray, quien se pronunció con el “Plan de Navidad”, cuya intención era reconciliar a los bandos en pugna, este plan fue modificado y se le llamó “Plan de Ayotla”, el cual desconocía al gobierno emanado a consecuencia del “Plan de Tacubaya”.
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La influencia de Estados Unidos fue determinante en la política del país, pues al reconocer al gobierno de Juárez, el 6 de abril de 1859, aunque la guerra civil seguía su paso en todo el país, fue el 22 de diciembre de 1859, cuando se libró el combate decisivo entre las fuerzas liberales al mando del General Jesús González Ortega, los cuales vencieron a las fuerzas conservadoras a las órdenes del General Miramón
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En las Lomas de San Miguel Calpulalpan, posteriormente a que las tropas liberales entraron a la Ciudad de México el 1/o. de enero de 1861, el ejército conservador fue permanente vencido, estas funciones fueron realizadas por el ejercito liberal de Juárez.
