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La primera etapa en 1821, en el que por motivos de poner todo en orden en cuanto a la Administración Pública se establecen cuatro ministerios (antes así llamados): Secretaría de Relaciones Exteriores e Interiores, de Justicia y Negocios Eclesiásticos, de Hacienda Pública, de Marina y, de Guerra.
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En la Constitución Política de 1824, se abocó a la administración pública en el artículo 117 que habrá cierto número de secretarios y una ley para los negocios del gobierno.
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Se publicó por el Congreso General, las Siete Leyes Constitucionales, en los artículos 28-34 contenía: Para los negocios de Gobierno de la República, habrá cuatro ministros: de lo Interior, Relaciones Exteriores, Hacienda, Guerra y Marina.
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Se dio a conocer la nueva denominación de las Secretarias. La de Justicia y Negocios Eclesiásticos, pasaba a ser Ministerio del Interior, Relaciones Exteriores y, sin ningún cambio, Hacienda; y Guerra y Marina.
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En las Bases de organización para el Gobierno Provisional de la República, adoptadas en Tacubaya, se estipuló que se nombrarían cuatro ministros: de Relaciones Exteriores e Interiores, Instrucción Pública e Industria, Hacienda, Guerra y Marina.
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La Junta Nacional Legislativa acordó las Bases de Organización Política de la República Mexicana, en el artículo 93: los negocios de Gobierno estarían a cargo de cuatro ministros: Relaciones Exteriores, Gobernación y Policía; de Justicia, Negocios Eclesiásticos, Instrucción Pública e Industria; Hacienda; y Guerra y Marina.
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Antonio López de Santa Anna, decretó las Bases para la Administración de la República hasta la promulgación de la Constitución, en el artículo 10: indicó que para el despacho de los negocios se establecían cinco secretarias de Estado: Relaciones Exteriores; Relaciones; Interiores, Justicia, Negocios Eclesiásticos e Instrucción Pública; de Fomento,Colonización, Industria y Comercio; de Guerra y Marina.
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Para 1857 se facultó al presidente nombrar a los secretarios y cambiar el nombre de los ministerios.
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El Lic. Benito Juárez, como Presidente Interino, expidió un Decreto sobre Distribución de los ramos de la Administración Pública entre las seis Secretarias de Estado: Relaciones Exteriores; Gobernación de Justicia e Instrucción Pública; Fomento; Comunicaciones y Obras Públicas; Hacienda, Crédito Público y Comercio; Guerra y Marina.
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El Gral. Porfirio Díaz instituyó siete Secretarías de Estado: Relaciones Exteriores; Gobernación; Justicia e Instrucción Pública; Fomento; Comunicaciones y Obras Públicas; Hacienda, Crédito Público y Comercio; Guerra y Marina. Después creo: Secretaría de Estado y del Despacho de Instrucción Pública y Bellas Artes.
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Venustiano Carranza en 1917 creó secretarías, y departamentos, y, siendo el encargado del poder ejecutivo federal, expidió el 25 de diciembre del mismo año la Ley de Secretarías de Estado. De esta manera, los encargados del poder ejecutivo, se vieron en la necesidad de crear, modificar o quitar algunas secretarías, esto con el fin de adaptarse y satisfacer las necesidades políticas, sociales y económicas.
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El Presidente Substituto Abelardo Rodríguez reformó la Ley de Secretarías de Estado. Por medio del artículo 1o. creó: el Departamento de Trabajo; cambió el nombre de la Secretaría de Industria, Comercio y Trabajo por Secretaría de Economía Nacional, según el artículo 3o., incorporó según artículo 5o. el Departamento de la Estadística Nacional a la Secretaría de Economía Nacional.
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En el Gobierno del Gral. Álvaro Obregón, se publicó el Decreto por medio del artículo 1o. la creación del Departamento de Estadística Nacional.
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El Presidente Gral. Lázaro Cárdenas publicó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado señalando en el artículo 1o. que constituían el Ejecutivo Federal.
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En la Adminstración del Gral. Manuel Ávila Camacho se expidieron dos leyes que reformaron la Ley anterior, se elevó a categoría de Secretaría el Departamento de Marina y el Departamento del Trabajo, quedando este último como Secretaría del Trabajo y Previsión Social.
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En el Gobierno del Lic. Miguel Alemán Valdés se creó la Secretaría de Bienes Nacionales e Inspección Administrativa. El órgano operativo creado en dicha dependencia para encargarse de estas tareas fue la Dirección Técnica de Organización Adminstrativa.
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En el Gobierno de Adolfo Ruíz Cortines, en la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado se creó la Comisión de Estudios sobre los Sistemas y Procedimientos de la Adminstración Pública.
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Se envió un proyecto de una nueva Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, esta ha venido a derogar el ordenamiento de las secretarías y departamentos, así como la facultad que tiene el ejecutivo federal para nombrar a secretarios que estén al frente de éstas, este ordenamiento y facultad sigue vigente hasta hoy.
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Se creó la Consejería Jurídica del Ejecutivo Federal, de acuerdo con la Administración Pública Federal. En su Título Primero, Capítulo único, artículo 1° nos dice cómo está conformada la estructura y la organización de la administración Pública Federal, centralizada y paraestatal. Es la estructura actual.