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Los romanos arrasan con templos y provocan la dispersión de los grupos jadeo cristianos que se habían rebelado al imperio.
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Algunos grupos cristianos se establecen en Egipto huyendo de la represión romana. El sistema paulino comienza a difundirse y entrar confrontación con la ortodoxia judía.
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En Alejandría se daban cita diversas corrientes filosóficas. Desde sus orígenes, el neoplatonismo, el estoicismo y los pitagóricos ejercieron gran influencia en todas las religiones. En el cristianismo es muy claro en la Epístola de Bernabé; los evangelios de Matías, de los hebreos, de los egipcios y otros.
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La ciudad de Alejandría se convierte en un lugar que albergó a cristianos procedentes de Palestina. Según el historiador cristiano Eusebio de Cesárea, el evangelista Marcos introdujo la doctrina en la ciudad, por mandato de Pedro.
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Según versiones de las Homilías Pseudo-clementinas, S. Clemente desviado su navío fue a parar a la ciudad de Alejandría, donde encontró a su compañero Bernabé, que rodeado de cristianos disputaba en lengua griega con los filósofos de la ciudad acerca de la fe en Cristo.
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A finales del s. III, La persecución de Diocleciano, provoca la destrucción de numerosos manuscritos del Nuevo Testamento, algunas de las más importantes se conservaron en Egipto como: Codex Alexandrinus, Codex Vaticanus y Codex BezaCantabringensis.
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Desde el siglo III existió ya una traducción completa del N. T. para la población que solo hablaba el copto. Antonio, el fundador del monarquismo egipcio predicaba y recitaba de memoria pasajes enteros del N.T. y Pacomio , originario de Tebas, funda varios templos en el año 360. Sus monjes estaban obligados a leer en copto.
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En el siglo IV vivió el llamado padre la Iglesia, es una figura representativa del cristianismo en el norte de África.
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Desde el siglo VIII, se fueron consolidando reinos cristianos en Nubia, como el de Dongola, Alodia y Axum.
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El islam se extiende desde Oriente Medio hasta el norte de África durante la segunda mitad del siglo XII, cuando el califato omeya de Damasco conquista las zonas por la fuerza. A partir de entonces se apoya en los bereberes islamizados, pasando de la costa oriental al interior de África central, hasta llegar al lago Chad.
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El islam se extiende por Egipto llega hasta Sudan, bajo el desierto del Sahara. En una segunda oleada lleva a la religión a las costas orientales de África, al Cuerno de África y a la Costa Suajili, directamente desde Arabia y el Golfo Pérsico.
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En la segunda mitad del siglo VIII, los comerciantes musulmanes procedentes de Arabia y Egipto empezaron a establecerse de forma permanente en la ciudades y centros comerciales del a costa Suajili. Los pueblos bantúes y árabes locales se mezclaron, sus leguas y las prácticas culturales se hicieron común, determinando que el islam se consolidara poco a poco.
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A medida que los comerciantes musulmanes se adentraban en África, el islam se extendía de un imperio a otro, el pero fue en Gao, de ahí se introduce al dominio del Imperio de Ghana, a partir del siglo X.
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La capital Ghana, Koumbi Saleh, estaba dividida en dos ciudades distintas desde mediados del siglo XI. Una era musulmana y contaba con 12 mezquitas, mientras que la otra, a solo 10 km. de distancia y era la recidencia real con muchos santuarios de culto tradicional y una mezquita para los comerciantes visitantes. Creencias animistas e islámicas convivian.
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Entre los siglos X y XII se fue constituyendo una dinastía cristina en Etiopía, la de los zaués; que en 1210, se sabe mando fastuosas embajadas a Egipto donde hizo generosas donaciones a los templos y conventos.
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A partir del siglo X las rutas comerciales del golfo de Adén hacia el interior, constituyeron uno de los elementos capitales en el proceso de colonización y expansión religiosa. Para el siglo XIII sultanatos como el de Dahlak, y estados como el de Zague, en el norte de Etiopia, ya utilizaban otras rutas como la de Zeila , para conectar las provincias meridionales al mar.
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Hacia el 1240, el imperio de Maí es islamizado, se sumarán el reino de Kanem , y Songhai, Hausalandio y casi todas las regiones por debajo del Sahara.
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En 1270 el monje Tekla Haimanot, perusade al último rey de la dinastía etiope Zaué para que le cediera una plaza y convertir la en capital de la dinastía salomonica. Yekdundo Amlak, fue el primer rey de esta nueva dinastía y traslada su capital al sur a la provincia de Choa, en Ankober.
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En 1315 se establece un contacto entre los cristianos de Occidente y los reinos de las Cataratas. Ello deriva en una misión de dominicos que van a construir un convento cerca de Dongola.
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El dominio musulman mameluco de Egipto logra dominar los reinos cristianos de Nubia y se forman los sultanatos de Adan y Ajuran.
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Saif Ared, uno de los príncipes de Etiopía, se considera un reformador, combate los intentos expansionistas de musulmanes y reprime las rebeliones religiosas en su reino.
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Fue uno de los diversos grupos africanos del interior que se opusieron al islam. Controlaban el sur del rio Níger y llegaron a atacar ciudades como Tombuctú en la primera mitad del siglo XV.
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En 1439 instituye en el reino etíope, una cuarentena de cincuenta y cinco días, 33 fiestas en honor a la Santísima Virgen, 12 fiestas de San Miguel. Persigue a los herejes y cismáticos y bajo su reinado una delegación participó en Sínodo de Florencia.
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Concede a Portugal el derecho exclusivo de comerciar con África y la tarea misional, consistente en someter sarracenos y otros infieles a la servidumbre. Con ello se desarrolla el proceso de evangelización del algunos reinos de África central.
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Las fuerzas portuguesas atraviesan el Mediterráneo y con la llamada cruzada "de San Luis", llegan al Magreb, constituyendo Ceuta como cabeza de puente de la penetración en África, de los interés comerciales y religiosos.
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El comercio desarrollado entre europeos y el Reino Kongo, a partir del siglo XIV, determinó que este se convirtiera al cristianismo. y el siglo XVI los europeos disputaron a los musulmanes el dominio de la Costa Suajili.
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El rey portugués envía dos emisarios, Alfonso de Pavía y Pedro da Covilha encargados de buscar al "padre Juan". Pedro es el único que sobrevive y logra llegar al reino de Etiopía. Más tarde vasco da Gama rodea el sur de África y y abre camino a nuevas exploraciones. En El rey manda una nueva misión que logra dar con Pedro Covilha, en la corte del Rey Lebna Denguel. Comenzaría una larga disputa entre cristianos y musulmanes por la región.
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A finales del siglo XIX como resultado del reparto de territorios, las potencias europeas realizan un nuevo esfuerzo evangelizador en África, las misiones protestantes y católicas llegan a través de los puertos de esclavos, por las desembocaduras de los ríos: Senegal, Níger, Congo y Zaira. En varias regiones chocaron con la tradición islámica.
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En África durante la primer y segunda Guerra Mundiales, se desarrollaron diversas formas de organización religiosa, sobre todo de corte mesiánico, se fundan varias iglesias: la de Kimbanguista, la Harrista en Costa de Marfil, la Aladura de Nigeria y la cristiana de Sion de Sudáfrica. El evangelismo cobro fuerza en Liberia, y Burkina Faso entre 1914 y 1921.