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Los entornos digitales, que ya existían, se afianzan en estas décadas y transforman las maneras en las que se pensaba el mundo. A partir de este fenómeno se puede empezar a hablar de una cultura digital.
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Aunque se trata de una iniciativa académica importante, la publicación de las TEI Guidelines fue un claro ejemplo de la preocupación de la Humanities Computing por la codificación de textos.
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A partir de la aparición del navegador Mosaic y de la Web 2.0, las entonces llamadas Humanities Computing empiezan a pensar en las nuevas posibilidades comunicativas que ofrecía Internet. Con la publicación del libro "A Companion to Digital Humanities" en el mismo año, se empieza a popularizar el término "Digital Humanities", el cual implica una nueva manera de pensar la disciplina.
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Desde 2004 se empezaron a constituir programas de maestría y doctorado en Humanidades Digitales alrededor del mundo, aunque principalmente en países anglosajones. Los departamentos de HH.DD. son autónomos y no se limitan a estar subeditados a departementos de Literatura o Artes.
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Con la creación de su laboratorio Software Studies Initiative, el profesor Lev Manovich introduce el concepto de "cultural analytics", cuyo propósito es analizar artefactos culturales multimedia producidos actualmente, trascendiendo el estudio de textos.
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Como lo demuestra Google Ngram Viewer, el interés por el término Digital Humanities en el mundo anglosajón incrementó aún más y ello implicó en pensar más allá de la preocupación de la Humanities Computing en trabajar textos e hipertextos. Empieza a aparecer una preocupación mayor por lo visual y los nuevos medios.
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Con textos como "Humanities 2.0: Promise, Perils, Predictions" (2008) de Cathy N. Davidson y "Planned Obsolescence" (2009) de Kathleen Fitzpatrick se pueden observar otros cambios en el pensamiento disciplinar. Las reflexiones prominentes en esta segunda ola se relacionan con el incentivo a prácticas de comunicación y difusión del conocimiento de forma abierta.
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Con la aparición de este documento se empiezan a cuestionar las temáticas "viejas" que se centraban en la instrumentalidad de la computación en relación con las humanidades y lo cuantitativo. Surgen entonces nuevas preguntas sobre la relación de la tecnología con el postestructuralismo y los Estudios Culturales.
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Investigadores como la mexicana Isabel Galina empiezan a preguntarse por la construcción de una comunidad global en las Humanidades Digitales, las cuales siempre habían sido dominadas por lógicas anglosajonas. Surgen entonces nuevos intereses por las dinámicas entre las sociedades periféricas y la cultura digital.
