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Bartolomé Ruiz fue el primer europeo en cruzar la línea ecuatorial en las costas de la actual ciudad de Manabí.
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Debido a la muerte de Huayna-Capac sus herederos Huáscar y Atahualpa entraron en conflicto . Francisco Pizarro fue testigo de esto , ya que fue recibido en la isla Puná por el cacique Tomalá aliado a Atahualpa . Tomalá arrasó con la ciudad de Túmbez aliada al pratido de Huáscar .
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Atahualpa logra varios triunfos en el territorio ecuatoriano, siendo el vencedor avanza y se toma Cuzco en Perú, posteriormente Huáscar es derrotado, es apresado y muere asesinado. Francisco Pizarro es testigo de esto.
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Francisco Pizarro junto a 150 hombres captura a Atahualpa en un asalto sorpresivo en la ciudad de Cajamarca, ubicada en la sierra ecuatoriana.
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Atahualpa fue engañado por sus raptores que exigieron un rescate de oro y objetos valiosos . La intención de los españoles era asumir el completo control y seguir la conquista. Atahualpa fue ejecutado en Cajamarca.
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Rumiñahui, hermano paterno de Atahualpa, organiza la resistencia con la ayuda del norte, pero es vencido por los españoles con ayuda de los Cañaris. Benalcázar ocupa Quito en diciembre. Con esto se puso fin a la época inca, iniciando la época colonial.
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Fundación de Portoviejo por el español Francisco Pacheco, para custodiar la frontera norte de la gobernación de Pizarro y abastecer de maíz, agua y alimento a los barcos españoles.
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Se da la fundación definitiva de Guayaquil que sería el puerto principal de la Real Audiencia de Quito. Mediante este puerto se enviaban productos a España y a toda la costa pacífica de Sudamérica y parte de América Central.
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Gonzalo Pizarro y Orellana dirigen una expedición hacia el oriente, motivados por las leyendas sobre tesoros como "El Dorado". Llegarían al año siguiente al río Marañón o Amazonas, alcanzado la desembocadura en el océano Atlántico.
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Se da la fundación de Loja. Esta ciudad llegó a tener la importancia de Quito y Guayaquil debido a las actividades de minería de oro que se desarrollaban en este lugar; por lo que también era el eje económico de esta región.
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Se da la fundación de Cuenca en las ruinas de Tomebamba. El Virrey de Lima, Andrés Hurtado de Mendoza, ordena al capitán Gil Ramírez Dávalos la fundación de la nueva ciudad.
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Se da la creación de la Real Audiencia de Quito dentro del Virreinato de Perú, siendo Hernando Santillán su primer presidente. Con esto, se realizan importantes reformas en la administración colonial.
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Se produce el levantamiento de los quijos, que preferian morir en lugar de soportar los abusos de los españoles . Finalmente muchos rebeldes fueron ejecutados en Quito y tras nuevos levantamientos los quijos decidieron huir de su tierra, adentrándose mas en el oriente.
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Los agustinos fundan la primera universidad quiteña "San Fulgencio", a la que actualmente se la conoce como la Universidad Central del Ecuador.
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Rebelión de las Alcabalas en Quito debido a nuevos impuestos ordenados por la corona para defender las costas de los piratas. Tropas militares de Perú llegan a Quito ejecutando las cabecillas de la revuelta.
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Llegan 2000 piratas holandeses, quienes asaltan y queman Guayaquil debido a los conflictos que en ese tiempo existían entre Holanda y España. Los piratas holandeses buscaban privar a los españoles de los metales que conseguían en América.
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El volcán Pichincha erupción, causando una lluvia de cenizas en la ciudad de Quito, provocando algunos daños en iglesias y viviendas.
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Se producen dos terremotos en Quito, relacionados con la falla que también había provocado la erupción del volcán Pichincha de 1660.
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Guayaquil soporta un gran asalto de corsarios franceses e ingleses . Los ciudadanos huyen hacia los campos dejando sola la ciudad por algunos años. Muchas personas acaudaladas quedaron en la miseria.
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Se producen terremotos en Ambato, Riobamba y Latacunga, diezman a la población generada por la gran actividad volcánica de los Andes.
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Se producen nueve incendios en la ciudad de Guayaquil que motivaron a solicitar ordenanzas para el traslado de la ciudad y fabricar las cosas con teja.
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Llega a Quito la misión Geodésica Francesa. Muchos investigadores europeos llegaron a la Real Audiencia para comprobar la forma de la tierra y medir la longitud de un grado terrestre a partir de la mitad del mundo. Se hicieron muchas publicaciones respecto al tema.
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La Audiencia de Quito se incorpora definitivamente al Virreinato de Santa Fe de Bogotá, a las primeras medidas geopolíticas de las reformas borbónicas. Era un asunto de intereses políticos, económicos entre Lima y Bogota Cartagena.
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Sublevación indígena importante en Riobamba debido a la explotación que sufrían los mismos por parte de las élites, reconociendo que no todos los pueblos indígenas aceptaban las leyes impuestas por los españoles desde el inicio de la colonia.
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Se da la sublevación los barrios de Quito en la "Rebelión de los Estancos". Los nobles criollos incentivaron una movilización en contra de los chapetones, quienes eran los nacidos en España, por los impuestos y monopolización de las bebidas alcohólicas.
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Fuerte erupción del volcán Cotopaxi , generando ceniza y flujos piroclásticos. Las explosiones expulsaron material macizo de gran tamaño como "bombas " causando muchas muertes y daños en las viviendas.
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Se autoriza el comercio de cacao de Guayaquil con España, dando lugar a "El auge del cacao" debido a problemas de abastecimiento y al alto precio de producción en Centroamérica. Guayaquil se vio beneficiada.
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Se desata la más fuerte epidemia del siglo de la muchas que habían; fiebres, catarros, viruela, sarampión, disentería. En Quito, con una población de 25000 habitantes, murieron 2400 por sarampión.
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Aparece en Quito el primer periódico: "Primicias de la cultura de Quito".
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Se produce un terremoto en Riobamba de magnitud 8.3, siendo el más poderoso de Ecuador hasta la fecha, que literalmente destruyó la ciudad causando 6000 muertos en la zona de influencia.
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Resistencia española en contra de la invasión francesa. Se descubre también una conspiración quiteña en contra del gobierno colonial, influenciados por la independencia de Estados Unidos y por la Revolución Francesa.
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Los criollos deponen al gobierno español impulsados por las ideas de Eugenio Espejo, constituyen una junta soberana presidida por Juan Pío Montufar el 10 de Agosto.
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Rebelión popular en Quito para rescatar a los próceres de 1809, pero las autoridades realistas lograron detener la rebelión, asesinando a los protagonistas de la misma.
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Guayaquil proclama su independencia. Granadinos de Venezuela, Colombia y miembros de la clase criolla apoyaron para que esto sucediera.
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El ejército ecuatoriano dirigido por Antonio José de Sucre logra derrotar a las fuerzas españolas en la Batalla de Pichincha. Quito se anexa a la República de Colombia.
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El ejército de Colombia dirigido por Sucre derrota a las fuerzas peruanas en Tarqui. Posteriormente se firman los tratados de Guayaquil. Quito, Guayaquil y Cuenca como estados libres pasan a formar parte de la Gran Colombia.
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El distrito sur se separa de la Gran Colombia, tomando el nombre de República de Ecuador logrando su independencia total, creando también una nueva Constitución.