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El Papa ordenó a los ermitaños toscanos que eligieran un prior general y que formalizaran unas constituciones. Desde entonces empezaron a ser conocidos como Ermitaños de la Orden de San Agustín.
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La tradición monástica aceptada por los eremitas en 1244 tiene sus más tempranas raíces inmediatamente después de la conversión de S. Agustín en Milán, cuando él y algunos de sus amigos regresaron a su nativa Tagaste, abandonaron sus posesiones y comenzaron una vida de oración y estudio como "siervos de Dios":
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La Gran Unión se llevó a cabo en la fundación ermitaña toscana de S. María del Popolo, nuevamente bajo la dirección del cardenal Annibali, con delegados que vinieron de cada ermita. Lanfranco Septala de Milán anterior superior de los Ermitaños de Juan Bueno, fue el primer prior general de la Orden, que abarcaba 180 casas religiosas en países europeos.
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También se fundaron casas generales de estudio en Bolonia, Padua, Roma, Florencia, Oxford y Cambridge. Las comunidades de la Orden se enriquecieron con vastas bibliotecas que contenían biblias y concordancias, las obras de S. Agustín y Padres de la Iglesia, teologías e historias medievales, Aristóteles y Platón, literatura árabe y judía, así como obras de astronomía, geografía, matemáticas y medicina.
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Se conversaron muchas cosas sobre el emperador, se hicieron declaraciones rituales y doctrinales a seguir por los griegos ortodoxos como una medida de acercamiento de los mismos.
Se convocó una cruzada (la séptima) de la que se designaría a Luis IX de Francia (San Luis) al mando. -
El papa Nicolás IV los envió a predicar las cruzadas en 1290. Otros pontífices los eligieron para defender el papado en sus controversias con la autoridad civil.
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Una casa en Pavía, al lado del sepulcro de S. Agustín, estableciendo así un vínculo especial con su cabeza espiritual:
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Entre todas las provincias sumaban 6000 miembros. Los principales países eran Alemania, Paises Bajos, Francia, Italia, España entre otros.
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El sacristán debía tener tareas que además incluían ser Guardián del Sagrario, confesor del Papa y su bibliotecario.
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El papa Alejandro IV liberó a la Orden de la jurisdicción de los obispos e Inocencio VIII, en 1490, concedió indulgencias similares a las que pueden hacerse en estaciones en Roma a todas las iglesias de la Orden Aguntina.
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Garantizándola para siempre a un miembro de la Orden mediante una bula promulgada.
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La puso a cargo de los agustinos cuya iglesia es Sant'Anna dei Palafrenieri. En el mismo año la Parroquia de Santo Tomás de Villanueva en Castel Gandolfo que estaba a cargo de la Orden, fue traspasada a los Salesianos.
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En 1991, el papa Juan Pablo II confió el cuidado pastoral de la Ciudad del Vaticano al Cardenal Arcipreste de la basílica de San Pedro.