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El 20 de octubre de 1681, se ignaura los estudios de medicina en la Universidad.
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El Doc. Miguel Fernández inicia la catedra prima como el catedrático propetario de la medicina.
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El 20 de agosto de 1703 se gradúa el primer bachiller de medicina de la Universidad, Don Vicente González.
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El terremoto de 1773 asolo la ciudad de Guatemala y la universidad se traslada al Valle de la Ermita en 1777.
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En 1778, una real cédula dona el nuevo sitio a la universidad y se construye la institución.
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Por decreto constitucional se constituyo la facultad de ciencias médicas, constando de 6 años de estudio (4 años de teoría y 2 años de practicas hospitalarias).
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Tierras expropiadas en 1873 por Justo Rufino Barrios son transferidas a la escuela de medicina y farmacia en 1880, ignaurandose en octubre del mismo año. Se le agrego un disinfectorio nacional.
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Según el decreto presidencial 203, en 1895 el instituto dental pasa a ser dependencia de la escuela de medicina.
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El Doc. Juan Ortega fue reformador de la enseñanza medica y de los hospitales contiguos a la escuela de medicina, farmacia y dental.
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El terremoto de 1917 volvio a atacar a la ciudad de Guatemala y destruyo la escuela de medicina, farmacia y dental. La facultad se traslado al convento de Santa Catalina de 1917 a 1921.
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En 1921 un incendio destruye la mayor parte de la facultad y se traslada a la Calle de Belasco, propiedad del Doc. José Azurdia, de 1921 a 1931.
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El Ingeniero José Alcaime reconstruye la facultad de medicina en su sitio original, el cual fue previamente destruido por el terremoto.
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En 1945, Juan José Arevalo le otorga la autonomía a la universidad y el derecho de todos sus bienes.
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En 1975, el inmueble que albergo a estudiantes de medicina se denomina "Sede del Centro Cultural Universitario", entonces la facultad de medicina se traslada a la Ciudad Universitaria donde permaneció ahí hasta el 2001.
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En el 2001, se construye el Centro Universitario Metropolitano y la facultad de ciencias médicas se traslada ahí donde ha permanecido desde el 2001 hasta el presente.
