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Se inauguran los estudios de medicina, 5 años después de la fundación de la Universidad, su primer catedrático propietario fue el Dr. Miguel Fernández
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El doctor José Felipe Flores orientó la reforma de la enseñanza médica, introduciendo las ciencias básicas
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Esparragoza y Gallardo fundan el Colegio de Cirujanos para instruir a personas sin educación
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Se crea la Academia de Estudios y se introducen la enseñanza de Farmacología, Higiene, Patología, Diagnóstico Terapéutico y Físico
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Se formó la sociedad Profesional de Medicina y Cirugía y la reglamentación del ejercicio de la profesión médica en Guatemala
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Se crearon nuevas cátedras: Obstetricia, Farmacología Terapéutica y Medicina Legal
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Se clausura la Facultad de Medicina y se abre de nuevo en 1875 con un plan de estudios de 5 años
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Se publica la primera revista científica "Unión Médica"
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Se establecen los internados en el Hospital General San Juan de Dios
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El doctor Estévez fundó la cátedra de Anatomía Patológica
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Inicia la Autonomía de la Universidad de San Carlos, y se organiza un plan de estudios modernista
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Se institucionaliza el internado rotatorio y convenios entre hospitales estatales y la Facultad de Ciencias Médicas
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La demanda de servicios y la presión tecnológica en la práctica médica, hacen cuestionar el contenido de la educación médica de la época y de la formación del médico que egresa, así como su impacto en la salud de la población guatemalteca
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Se inicia el estudio por unidades didácticas y se cambia la modalidad de enseñanza a módulos
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Se planteó la necesidad de una readecuación curriculares forma global, integral y participativa, al igual que la reordenación del pensum de estudios y en 2001 La Facultad se traslada a su nueva sede el CUM(Centro Universitario Metropolitano)
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Se crean las Unidades Didácticas: Psiquiatría y Salud Mental, Traumatología y Ortopedia, se inició el primer doctorado en la Facultad y finalmente se aprobó el informe Final de Reestructuración Académico Administrativa de la Facultad de Ciencias Médicas