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El 20 de octubre de 1681 se inauguran los estudios de medicina en la Universidad de San Carlos,
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El Dr. Miguel Fernández, inicia la cátedra prima como el primer catedrático propietario de ella.
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Se graduó el primer bachiller en medicina de la Universidad de San Carlos, don Vicente Ferrer González. Siguió sus estudios hasta que se doctoró el 17 de septiembre de 1717.
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En 1778 se donó un nuevo sitio para la USAC, en 1779 se ordenó la construcción del edificio que finalizó en 1851. En dicho edificio se encontraba la escuela de medicina.
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En este año por decreto constitucional la Escuela de Medicina pasa a ser "Facultad de Ciencias Médicas". Con duración de 6 años, 4 de teoría y 2 de práctica.
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En 1917 hubo un terremoto, derrumbando la escuela de medicina, farmacia y dental.
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La Escuela de medicina, farmacia y dental, se traslada al convento de Catalina de Mártir (Actual Conservatorio Nacional de Música). En 1921 un incendio obligó a la Facultad de Ciencias Médicas a trasladarse hacia la calle de Belasco, propiedad del Dr. José Azurdia hasta 1931,
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El arquitecto Carlos Malau diseñó la Escuela de Medicina y Paraninfo, el arquitecto italiano Gido Albani, realizó la obra y se entregó a la USAC en el año 1931
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El 14 de enero de 1975, la Escuela de Medicina y Paraninfo es destinado como sede Centro Cultural Universitario. La facultad de medicina se traslada hacia la Ciudad Universitaria de 1975 hasta 2001.
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Desde 2001 hasta la actualidad, la facultad de medicina se ubica en el Centro Universitario Metropolitano (CUM).
