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Entre el 500 a.C. y el 800 d.C., aproximadamente, se produjeron numerosas migraciones en los territorios que comprenden los actuales departamentos de Cundinamarca, Boyacá y Santander debido al desplazamiento de las zonas paramunas del altiplano cundiboyacense hacia las áreas montañosas más altas.
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El sistema de valles y sabanas que componía esta altiplanicie andina fue el escenario perfecto para el desarrollo de las culturas Herrera y Muisca, ambas domesticadoras del maíz y el curí, y pobladoras de una Sabana de Bogotá que para ese entonces era una planicie compuesta por humedales, pequeñas llanuras de labranza y bosques poblados de roble americano y encenillo, pequeños roedores como curíes y otros mamíferos de caza como el venado.
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Los grupos humanos que se establecieron en la Sabana mantenían patrones similares: la domesticación del maiz, los tubérculos, bases principales de su dieta, la explotación de la sal y otros minerales, la reproducción de tejidos, cerámicas y manufacturas como medios de acumulación de recursos y objetos votivos; además del empleo de herramientas para la labranza y sistemas organizados de cultivo.
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Los pobladores muiscas se destaca el desarrollo de la mineria y la explotación de piedras preciosas y la aparición de códigos de comportamiento y sociedades aparentemente organizadas. Su legado cultural radica sobre la introducción del fríjol, pimentón, ají, calabaza, algodón, ahuyama, batata y la arracacha a la dieta, practicas y cultivos de los pueblos de Zipaquirá, Funza, Chía, Tena, Usme y Soacha, donde se detectaron los primeros casos registrados de ocupación muisca en la Sabana.
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Aquellos que creyeron que la sabana de Bogotá siempre estuvo poblada por los muiscas reconocieron que la cultura Herrera también coexistió en la Sabana e incluso podría haberse asentado antes que el llamado "pueblo de la sal", la cerámica de estos pueblos muestra una notable cercanía con la proveniente del valle del Magadalena, mientras que la muisca obedece a un patrón concreto, producto de numerosas migraciones provenientes del Orinoco que atravesaron los sistemas paramunos.
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Después de acampar en los cerros de Suba, los hombres de Quesada vieron numerosos asentamientos en toda la Sabana. Al día siguiente emprendieron numerosas expediciones hacia Muyquyta (Funza) y Usme que concluyeron con la llegada a Thybzaca, donde se reunieron los pueblos nativos para agruparlos en resguardos, despojarlos de sus tierras y fundar la ciudad de Santa Fe sobre el primer campamento establecido en un punto ubicado cerca al río Vicachá (San Francisco).
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Las crónicas de Juan de Castellanos y Fray Pedro Simón popularizaron el 6 de agosto de 1538 como fecha de fundación de la ciudad. Mencionan que la Transfiguración del Señor, Fray Domingo de las Casas ofició la primera ceremonia católica en la zona denominada como Thybzaca (que algunos ubican en la actual plazoleta del Chorro de Quevedo, otros en la Plaza Santander y otros en la Catedral Primada).
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Según las investigaciones por la antropóloga Sylvia Broadbent sobre la Bogotá Chibcha, el nombre de la ciudad ha variado con el tiempo. Se le ha conocido como el Valle de los Alcázares, Bocatá, Bogote y Muequetá, forma usada regularmente por los indígenas según las crónicas de Fray Pedro Simón y Juan de Acosta. Quesada le daría el nombre de Santafé en honor a la ciudad del mismo nombre cercana a Granada.
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La celebración de la fundación de Santa Fe implicó la llegada de numerosas instituciones a cargo de ordenes religiosas y funcionarios pendientes de la evangelización y el pago de tributos entre las poblaciones nativas. El acompañamiento de los conquistadores Sebastián de Belalcázar y Nicolás de Federman a la fundación de la ciudad traería al festín de celebración cerdos, gallinas y caballos de parte de Quesada. Estas tres especies entraron a formar parte de la fauna del lugar.
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Carlos V, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, conocido también en España como Carlos I de España, otorga el título de ciudad a Santafé, por real cédula.
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La conquista de América transformó radicalmente la vida tanto de nativos como de europeos. Practicas relacionadas con la comida, la religión y el vestido son algunas de las acciones cotidianas que se vieron alteradas, y a pesar de que hubo imposición y destrucción cultural, otras costumbres se mezclaron y enriquecieron la vida de los habitantes del nuevo reino.
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Las personas que viajaban hacia el nuevo continente ejercían distintos oficios que se consideraban indispensables: boticarios, cuidadores de caballos, curtidores, sastres y fabricadores de armas. El escribano también desempeñaba un papel altamente importante en tanto que era quien registraba todo tipo de acontecimiento.
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La imposición del catolicismo como religión, en el que consideraban "nuevo continente", una práctica general entre conquistadores que visitaron distintas partes del continente. A pesar de usar métodos violentos para imponer sus creencias, los indígenas se resistieron a abandonar las suyas. Varios misioneros protestaron por los malos tratos hacia los indígenas y decidieron evangelizar reapropiándose de los lugares, lenguas y practicas que las comunidades nativas consideraban sagrados.
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En la segunda fundación de Bogotá se da el espacio para la primera iglesia en el costado oriental de la plaza central. Hoy en día la reconocemos como Catedral Primada pero en los primero días de Santafé la iglesia se configuraba como la parroquia de la villa (nombrada posteriormente como ciudad).
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Bella construcción colonial, en la que se organizo el museo numismático.
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A partir de 1846 la plaza principal de Bogotá, se llamo la Plaza de Bolivar, en homenaje al Libertador, cuya estatua es una de las más bellas.
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En ella tenía establecido su comercio el español Jose Gonzales Llorente, la solicitud del florero desencadeno el 20 de Julio de 1810, la independencia de Colombia.
