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Fue fundad en el año de 1676, siendo la cuarta universidad más antigua en América y la primera en centro americano, la primera seda de la universidad era en Antigua Guatemala, cuando el rey caros II decreto la fundación de la Universidad a los 60 estudiantes abriendo su puertas la inicio abriendo 7 cátedras: Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de Lenguas. Junto con ello otorgo los grados de: Bachillerato, Licenciado, Maestro y Medico.
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El 20 de octubre d 1681 se inaugura la Facultad de Ciencias Medicas 5 años después de la fundación de la Universidad de San Carlos, la inicial cátedra fue por el bachiller Nicolás Souza por un acuerdo. Siete años mas tarde en 1688 el Doctor Miguel Fernandez inicia la cátedra prima, En esa época se obtiene el titulo de bachiller en medicina la carrera duraba 4 años luego existieron los titulos de medicina y doctorados. El 20 de agosto de 1701se gradúo el primero bachiller en medicina.
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El 29 de julio de 1773 un terremoto que destruyo todo incluso la Universidad de San Carlos, llevo al traslado de la Universidad a la nueva Guatemala de la asunción. En el año de 1778 y 1779 por medio de una donación de una real célula se construyo el edificio que en 1851 finalizo su construcción hoy reconocido como MUSAC.
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Durante el gobierno de liberal del Dr. Mario Gálvez fue eliminada la universidad estableciendo como una academia de estudios esto con el fin de una educación laica, durante eso años fue redactada por profesionales de la universidad la primera declaración en Guatemala. En 1883 fue derrocado Mario Gálvez y con el conservador Mariano Ribera Paz jefe de estado de Guatemala se restituye, y devuelve el nombre Universidad.
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Estuvo la escuela de Medicina por decreto constitucional se constituyó como Facultad de Ciencias Medicas la carrera constaba de seis años cuatro de teoría y dos años de practica hospitalaria.
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Entre las calles de Velasco, la calle del Hospital, la calle del Niñado y la calle de la tortuga, se encontraba la manzana de un terreno que fue comprado por el arzobispo Francisco de Paula Garcia Peláez, que era un colegio llamado San Vicente de Paúl, 1873 que se fundo la primera escuela normal, pero el 13 de enero de 1880 dicho edificio es transferido a la escuela de medicina y farmacia y la Universidad de San Carlos.
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Se fundo por iniciativa del decano la Juventud Medica para cultivar ahí las ciencias universitarias en 1895 el instituto dental que hoy corresponde a la Facultad de Odontología según el distrito presidencial 203 pasa a ser dependencia de la escuela de medicina y Farmacia
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El espíritu de la libertad de lucha de los estudiantes universitarios se une las Facultades de Derecho y Ciencias de Salud para organizar un desfile bufo conocido como HUELGA DE DOLORES se realizo previo a la semana santa y junto con el periódico que nade de la Facultad de Medicina denominado NO NOS TIENES.
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Por la tragedia de terremotos de 1917 y 1718 la Universidad sufrió daños por lo que el espíritu de los Sancarlistas se manifestó, para obtener el traslado al convento de Santa Catarina de Mártir que hoy corresponde al edificio del Conservatorio Nacional de Musica.
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En 1921 nace el emblema de los huelgueros la Chavela pintada por el estudiante Hernán Martinez representada como un esqueleto que bailando con la mano izquierda en alto y la derecha sobre el pubis "Aquí esta tu son Chavela" se convirtió en el 1 símbolo estudiantil femenino.
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De 1917 a 1921 la escuela de medicina estuvo en convento de Santa Catarina de Mártir, un incendio destruyo el edificio por que obligo a un nuevo traslado, de 1921 a 1931 la calle de belasco permitió a la Facultad de Medicina
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En el año de 1922 se escucha el himno de los universitarios SanCarlistas LA CHALANA. Fue compuesta por el estudiante Alfredo Valle Calvo, Jose Luis Valcárcel David Vela y Miguel Angel Asturias.
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Es hasta en 1927 bajo el gobierno de Lázaro Chacón, que la universidad recobra su nombre original: Universidad de San Carlos de Guatemala.
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Entre los años 1922 y 1931 durante el gobierno de Lazaro Chacón, un nuevo edificio de 1840 se reconstruye, él ingeniero José Alcaine H elaboro un proyecto de cuatro edificios que correspondían: Escuela dental, instituto antirrábico, instituto de vacunas y la Escuela de Medicina.
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La asamblea legislativa en Decreto del 16 de Diciembre de 1944 confirma la autonomía universitaria elevándola ahora a nivel constitucional. Como primer Rector de este nuevo período autónomo fue nombrado el Dr. Carlos Federico Mora.
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Se elige al primer Rector de forma democrática por estudiantes, docentes y profesionales: el Doctor Carlos Martínez Durán.
Durante su período se adquirió el terreno de la zona 12 (en donde hoy está el Campus Central), se crearon las carreras de Agronomía, Veterinaria y Arquitectura; y además, se creó el primer Centro Universitario Departamental en Quetzaltenango. -
El inmueble que albergo durante 81 años a generaciones de estudiantes de medicina, farmacia y dental es destinado como sede de Centro Cultural por acuerdo de rectoría numero 9, la facultad de Medicina inicia otro traslado a la ciudad de Guatemala ubicada en zona 12 de la capilar que permaneció por 26 años de 1975 a 2001
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En el año de 2001 la Facultad de Medicina se traslada a la instalaciones del Centro universitario metropalitano conocido como el CUM hasta la actualidad la facultad de ciencias medicas continua hasta el día de hoy.
