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Nace en Popayán, siendo parte de la clase privilegiada de criollos ilustrados que no veían con buenos ojos la presencia del virrey representante de la corona española. (https://es.wikipedia.org/wiki/Francisco_Jos%C3%A9_de_Caldas)
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Decidió trasladarse a Santafé de Bogotá para comenzar sus estudios, en derecho, en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario.
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Recibe su título de abogado y regresa a Popayán para encargarse de los negocios familiares.
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Conoce a José Celestino Mutis (botánico). Recolecta y estudia diferentes clases de plantas. Conoce a Alexander von Humboldt (Polímata)
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Se traslada a Santafé de Bogotá y queda a cargo del Observatorio Astrónomico
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Bajo su mando y ya sin Mutis, el Observatorio se convierte en lugar de reunión de los independentistas. Funda el diario Semanario del Nuevo Reino de Granada
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Meses después del grito de Independencia la Real Expedición Botánica es cancelada. Junto con Joaquín Camacho co-dirige El Diario Político de Santafé de Bogotá.
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Se adhiere a la causa contra Nariño. Es nombrado teniente coronel, ya su vez miembro de la Comisión Militar.
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Participa en la insurrección armada contra Nariño. Después de que la causa rebelde fracasa huye a Antioquia. Allí, el gobernador Juan del Corral lo nombra Ingeniero General y Director de Fábricas. Es ascendido a coronel. Empieza proyectos de infraestructura y funda la Academia de Ingenieros de Medellín.
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El presidente Camilo Torres le encarga la fundación de una Escuela Militar, continuar el atlas de la Nueva Granada, levantar puentes en las llanuras inmediatas a la capital y montar en ellas baterías y fosas. Es enviado a hacer frente al ejército realista.
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Es detenido en la batalla de la Cuchilla del Tambo, luego de esto, es juzgado y fusilado junto a Francisco Antonio Ulloa, José Miguel Montalvo, y Miguel Buch.