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Francisco José de Paula Santander y Omaña, fue hijo de Juan Agustín Santander y Colmenares –quien fuera gobernador de la Provincia de San Faustino de los Ríos y cultivador en sus posesiones rurales– y de doña Manuela Antonia de Omaña Rivadeneira y Rodríguez, ambos pertenecientes a familias criollas, descendientes de funcionarios coloniales llegados al entonces Nuevo Reino de Granada.
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Continuó su educación cuando a la edad de doce años fue traído a Santafé en el año de 1805 por su tío el presbítero Nicolás de Omaña Rivadeneira, y allí, apadrinado por quien luego se convertiría en su profesor y más adelante en su jefe, don Custodio García Rovira, entró en el célebre Colegio de San Bartolomé gozando de la beca bartolina que verdaderamente aprovechó pues se distinguió en filosofía, derecho canónico e incluso incursionó en el novedoso derecho de gentes
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Casi terminados sus estudios universitarios de Derecho en la Universidad Santo Tomás, Santander inicia su vida militar el 26 de octubre de 1810, como abanderado del Batallón Guardias Nacionales de Santafé y en ese mismo año lo promueven al grado de subteniente en Mariquita. Regresa a Santafé y es
designado ayudante secretario de Antonio Baraya. -
Fue parte de la Inspección Militar, de la Comisión de Guerra en la Junta Suprema y colaboró con Antonio Baraya en la campaña del Norte y en la Guerra de la Federación contra las fuerzas centralistas de Cundinamarca después de haber anexado Mariquita en sus filas, siendo ascendido sucesivamente a Teniente y Capitán, en menos de un mes en 1812.
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Santander participó inicialmente en la Campaña Admirable en la que Bolívar inicia sus acciones en territorio venezolano. Santander permanece en la población de La Grita, que había capturado por asalto en el combate de Angostura de La Grita el 13 de abril de 1813, en apoyo al coronel Manuel del Castillo, quien se negó a seguir hacia Caracas. Al final para evitar más discrepancias y por órdenes de Bolívar, le encomienda la defensa de los valles de Cúcuta.
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Es herido y hecho prisionero durante la Batalla de San Victorino, por las fuerzas centralistas. Posteriormente Antonio Nariño lo libera para enviarlo a servir en la campaña de Simón Bolívar en el norte. En 1813, ya ascendido a Mayor, Bolívar le encomendó la defensa de los valles de Cúcuta, donde fue vencido por los realistas aunque tuvo victorias a pesar de la inferioridad cuantitativa, defendiendo o recuperando los valles de Cúcuta y parte de Venezuela.
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Participa en los llanos; al inicio dura poco en la comandancia de este ejército debido a la resistencia de los soldados llaneros a ser dirigidos por un militar ajeno a la región y que previamente había rechazado por considerarse incompetente para dirigir a los llaneros rebeldes a la disciplina militar. Pero entonces, enterró su espada en el suelo, declaró que prefería morir con ella enterrada antes que consentir que el nombramiento no fuera hecho adecuadamente y se ganó cierto respeto.
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En 1818 es ascendido a general de brigada, y con experiencia como oficial de Estado Mayor y comandante, mandando entre otros los batallones "Piar", "Apure" y "Bajo Caroní", la segunda brigada de caballería o la primera división de línea del Bajo Caroní se le encomienda reorganizar las fuerzas en Casanare para la ofensiva final.
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Su tránsito de la vida militar a la dirigencia civil no tuvo solución de continuidad. El general Francisco de Paula Santander acompaña al libertador en la exigente tarea de diseñar una forma democrática y republicana, que enmarcara jurídicamente el territorio liberado y a él encomendado, y se convierte en el “Arquitecto de la Nación” en el mismo año de la Batalla de Boyacá (1819), al ser ungido como vicepresidente de la Nueva Granada
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Santander como vicepresidente (1819-1821), se concentra en la consolidación del sueño libertario desde el gobierno. Se hace acompañar de un gabinete de guerra para lograr la consolidación de la libertad. Santander, fundador civil de la República, dedicó su vida por completo a defender la integridad, la estructura y el sistema democrático. Gracias a esto, Colombia es un icono y
baluarte de los principios democráticos en Indoamérica -
Después de las acciones y batallas de Paya, Gámeza y el Pantano de Vargas, donde fue herido al frente de las tropas, y el cruce del páramo de Pisba, con su ejército fue la pieza definitiva en el triunfo de Bolívar en la Batalla de Boyacá en 1819, donde rodeó al enemigo y lo persiguió evitando que pudiera reorganizarse. Al final, el coronel español José María Barreiro se rindió ante el Ejército Patriota, del comandante Santander, 'Héroe de Boyacá'.
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En 1819 Santander ordenó fusilar en la Plaza mayor al general español José María Barreiro con 37 compañeros. Barreiro le envió a Santander su diploma e insignias de masón de alto grado creyendo que era hermano, pero el general neogranadino solamente respondió: “¡La patria por encima de la masonería!”.
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Funda escuelas en Mariquita, Honda y Valledupar (1822). Funda los
colegios de San Simón y Boyacá. Normales lancasterianos en Bogotá, Caracas y Quito. Dirige la Gaceta de Colombia, periódico oficial. Entre 1822 y 1825 funda 125 Colegios. En 1826 es reelegido para el siguiente periodo. Dicta el decreto de enseñanza pública y funda la Academia Nacional para fomentar las artes, las letras, la política y la moral, y en 1827 establece la Universidad de Boyacá. -
Luego de haber tenido desacuerdo políticos y de ideología con Simón Bolívar, las tensiones se intensificaron en 1826 cuando Páez entró en conflicto con las autoridades de Santander y quiso separar Venezuela de Colombia durante el movimiento conocido como La Cosiata. Santander pidió a Bolívar que arbitrara la situación en Caracas, y Bolívar le dio la razón a Páez, lo que no fue bien recibido por los santanderistas.16
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Bolívar asumió la Presidencia desplazando a Santander, quien tras dejar el cargo fue elegido Diputado por la provincia de Bogotá para asistir a la Convención de Ocaña en 1828, donde defendió principios republicanos con bases federalistas. El 27 de agosto Bolívar se autoproclamó dictador, disolvió el congreso, la constitución de 1821, todos los representantes en cargos públicos que no aceptaban esta decisión fueron removidos, eso incluyó al Vicepresidente quien era Santander.
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Opositores de Bolívar irrumpieron al Palacio de San Carlos con el fin de matar a Bolívar, quien logró huir por una ventana; al día siguiente se creó un tribunal de 8 personas para juzgar a quien consideraran participó y pasarlo a juicio; al no encontrar pruebas de un culpable, Santander fue acusado de traición y sentenciado por el atentado, fue degradado, expulsado deshonrosamente y condenado a morir fusilado por la espalda; pero Simón Bolívar le perdonó la vida y fue desterrado.
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Entonces, tras la firma de la constitución de 1832, le fue ofrecida a Santander la presidencia de la república de forma interina. Así mismo, el general fue restituido en sus honores y rangos militares, de los cuales había sido despojado cuando fue condenado al destierro por traición, tras el intento de asesinato fallido a Simón Bolívar.
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Cuando su mandato interino finalizó, fue elegido presidente de Nueva Granada para el período siguiente. Durante su administración, ejerció una política de carácter liberal, como la que había ejercido siendo vicepresidente de la Gran Colombia. Su gobierno tuvo la responsabilidad de darle la estabilidad necesaria al nuevo Estado y para ello intervino fuertemente en las reformas a la hacienda y la educación, y desarrolló y fortaleció las relaciones diplomáticas del nuevo país.
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Rechazando la reelección en la presidencia cuando terminaba su mandato, logró unir a sus seguidores en torno de un solo candidato, José María Obando, luego de la división de su partido por problemas personales con su exvicepresidente José Ignacio de Márquez, quien terminó siendo elegido presidente en 1837. En este período Santander se quejaba de fuertes cólicos y los doctores no encontraban razón de sus dolores. Santander se convirtió en senador de la república.
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Lideró la oposición a Márquez y cuando se preparaba para iniciar su campaña por la reelección, cayó gravemente enfermo. En su testamento, expresó: "Ojalá hubiera querido a Dios tanto como quise a mi patria". Falleció a los 48 años. Su autopsia reveló que murió a causa de cálculos biliares, razón por la cual sentía los fuertes cólicos que terminaron matándolo. Sus restos reposan en el Cementerio Central de Bogotá, tumba que fue declarada como Bien de Interés Cultural de la Nación.