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Hasta la sanción de leyes que organizaron legalmente el S.E.A su organización estuvo librada a las iniciativas de los ministros de turno. uno de los hitos que marca su inicio fue la creación de la escuela secundaria (Colegio Nacional de Bs. As.) durante la presidencia de Mitre.
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El sistema educativo durante los dos primeros gobiernos peronistas tuvo cambios significativos, se produjo la expansión de la enseñanza técnica, junto con la creación de la Universidad Obrera Nacional. Estas medidas comprenden una de sus estrategias como fue incorporar a nuevos sectores a la participación social garantizando los derecho sociales, teniendo como lema "Popularizar la universidad y difundir la cultura universitaria".
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Es un sub-modelo del Estado Benefactor, en este modelo el desarrollo económico social permite comprender la expansión de las modalidades con salida laboral por sobre las tradicionales. La educación se caracterizó por ordenar la cuestión docente, impulsar la teoría del planeamiento, entre otras características. La meta de la educación comenzó a ser preparar recursos humanos para el desarrollo.
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Durante este proceso se clausuraron los mecanismos de participación social, se produjo un disciplinamiento autoritario de todos los agentes de la educación y se quemaron libros. En esta etapa crecieron los bachilleratos por sobre las demás modalidades, y también creció la enseñanza privada. El lema que tenían para la educación era "educar para el orden"
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Con el retorno a la democracia la meta era "educar para la democracia", se vio un aumento de la matrícula del nivel medio, por diversas medidas como: la suspensión de los exámenes de ingreso, renovación de los planes de estudio, creación de nuevos establecimientos educativos y cambios en las prácticas de evaluación.
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En esta etapa se sancionan tres leyes importantes que organizan el S.E.A, como la Ley de transferencias (establece la transferencia de instituciones educativas nacionales a sus provincias - 1992), Ley federal de Educación Nº 24.195 (establece diez años de escolaridad obligatoria comenzando en la sala de 5 años - 1993) y la Ley de educación superior Nº 24.521 (no tuvo demasiado consenso, ya que vulnera los principios de gratuidad y autonomía de la educación universitaria - 1995)