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La primera etapa se inicia tras consumarse la conquista de México Tenochtitlán, cuan do comienza la empresa de conocer los recursos natura les con que contaba la nueva colonia. Pedro de Gante fundó en 1525 el Colegio de san José de los naturales, considerado como la primera institución educativa novohispana, y que en 1529 cambió de nombre por el de Colegio de san Juan de Letrán.
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La apertura provocada por la ilustración motivó en la nueva españa el establecimiento de los primeros centros laicos; en 1767 se crea el Colegio de las Vizcaínas y en 1768 la Real escuela de Cirugía y el Jardín Botánico, así como la academia de las nobles artes de san Carlos, en 1781, para la enseñanza de la pintura, escultura y arquitectura, constituyeron el antecedente de la institucionalización novohispana de las ciencias y artes en México.
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La segunda etapa, que va del movimiento de independencia al porfiriato, se inicia con la firma de los tratados de Córdoba, tras el triunfo del movimiento de independencia, cuando dan comienzo las primeras acciones nacionalistas para impulsar la ciencia en México.
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En 1833, cuando Valentín Gómez Farías era presidente interino, a iniciativa del Dr. José María Luis Mora se promulga una Ley sobre enseñanza Pública, cuya aplicación condujo, por una parte, a la clausura de la Real y Pontificia Universidad y, por otra, a la creación de la Dirección General de instrucción Pública para el Distrito y Territorios Federales, cuyo propósito era formar un órgano rector de la educación y el desarrollo de la ciencias.
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Con el siglo xx da inicio la tercera etapa, que va de 1900 a 2000. en ese entonces la actividad científica y la educación superior en el país eran conducidas por medio de una estructura de instituciones gubernamentales y académicas, cuyo desarrollo tomaría un nuevo impulso tras el movimiento revolucionario.
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En 1915, los centros que se dedicaban al estudio de las ciencias naturales, el instituto Médico nacional, el Museo nacional de Historia natural, la Comisión de exploración Biológica y el Museo de Tacubaya, se fusionan para crear la Dirección de estudios Biológicos.
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Durante la administración de presidente Lázaro Cárdenas se vio la necesidad de crear un organismo que ordenara las instituciones que realizaban actividades científicas y de enseñanza superior, por lo que en 1935 se crea, por decreto presidencial, el Consejo nacional de educación superior y de la investigación Científica (conesic), el catalizador para la cimentación de la construcción de un sis tema nacional de Ciencia.
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En el año de 1950 la cicic es sustituida por el instituto nacional de la investigación Científica (inic) con el objetivo de promover a nivel nacional la coordinación y el desarrollo de la investigación científica, así como el de formar una masa crítica de investigadores y fungir como órgano de consulta del poder ejecutivo federal en materia de ciencia.
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Este nuevo órgano rector impulsa en 1958, con la re presentación de 11 universidades y 12 institutos, la fundación de la asociación nacional de Universidades e institutos de enseñanza superior (ANUIES), con la finalidad de unificar y coordinar los esfuerzos en materia de desarrollo y superación de la educación superior.
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En 1999, en el marco del acuerdo celebrado entre el Consejo Consultivo de Ciencias, la academia Mexicana de Ciencias y el conacyt, se crea la nueva la Ley para el fomento de la investigación científica y tecnológica, la cual pretendía promover un crecimiento más acelerado y efectivo de las actividades científicas y tecnológicas del país, pero tuvo una existencia corta, pues el 5 de junio de 2002 se publicó la nueva Ley de ciencia y tecnología, así como la nueva Ley orgánica del conacyt.