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El sitio de Tenochtitlan, la capital de la Confederación del Anáhuac, fue llevado a cabo mediante la negociación entre los clanes locales y las divisiones anti-mexicas existentes y el conquistador español Hernán Cortés. -
Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda mas tarde conocida como provincia Ávalos.
Pero la conquista y la colonización definitivas de esas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por Nuño Beltrán de Guzmán -
Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco. Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería. -
A partir de 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 comenzó el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones.La expedición partió de la ciudad de México por el rumbo de Toluca e Ixtlahuaca hasta Tzinzintzan (Michoacán). Llegó a Ocotlán y a Tonalá (Jalisco). En julio del año 1530 la expedición llegó a la región de Aztlán. -
Ante el hallazgo, el rey no duda en emprender camino hacia Santiago, figurando para la historia como el primer peregrino y sentando las bases del posteriormente conocido como Camino Primitivo. Nada más llegar a Santiago de Compostela, funda sobre el edículo una primera iglesia y ordena construir un monasterio para los monjes que deberían custodiar el templo y los restos del Apóstol. -
Fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas. El asentamiento fue nombrado así en honor a la ciudad española del mismo nombre, misma de la que Nuño de Guzmán era originario. Los conquistadores creían que este parecía ser el lugar ideal para crear una ciudad, con buen clima, tierra y bellezas naturales. -
La segunda Guadalajara se asentó en Tonalá más que constituir un poblamiento, fue más bien una villa arrimada, ya que el poblado estaba en pugna entre la Corte, el Virrey y los vecinos. Luego también de haber permanecido poco tiempo, contra su voluntad Juan de Oñate se cambio en 1535 a las cercanías del pueblo indígena de Tlacotán. -
En 1535 Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río, aquí la ciudad era constantemente atacada por los indígenas. Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlán, la Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento. -
La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias naciones indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI. Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas.
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Después de pacificar la zona tras la muerte de Pedro de Alvarado, Cristóbal de Oñate, gobernador de Nueva Galicia, convocó a sesión de Cabildo para emigrar al sur de la barranca. Ninguno llegaba a algún acuerdo ya que pensaban que a Nuño de Guzmán no le parecería un cambio más a la ciudad. Finalmente, el 14 de febrero de 1542, 63 peninsulares jefes de familia fundaron la cuarta y definitiva ciudad de Guadalajara cerca del río San Juan de Dios, parte trasera del Teatro Degollado.
