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Los mexicas se rindieron el 13 de agosto de 1521, correspondiente al día "1 Coatl" del año "3 Calli"12 del mes Xocotlhuetzi.13 Supuestamente, Cortés demandó poco después el oro perdido durante La Noche Triste. Cuauhtémoc fue tomado como rehén y ejecutado varios años más tarde.
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Atoyac fue un pequeño núcleo de población, siendo de mayor importancia el poblado de Cuyacapán. Perteneció a Zaulán y lo conquistó Alonso de Ávalos en 1521; a partir de entonces formó parte de la Provincia de Ávalos.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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La expedición partió de la ciudad de México por el rumbo de Toluca e Ixtlahuaca hasta Tzinzintzan (Michoacán). Llegó a Ocotlán y a Tonalá (Jalisco). En julio del año 1530 la expedición llegó a la región de Aztlán. Al empezar la temporada de lluvias, la expedición se quedó atrapada en la zona sin poder moverse durante meses.
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Fundada por indígenas tecuexes, Tonalá (antes llamada Tonalla) fue el mayor de los señoríos tecuexes conocidos.
A la llegada de los españoles a Tonalá gobernaba la cacica Tzapotzintli, mejor conocida como Tzuapili o Cihualpilli. Nuño de Guzmán, conquistador oficial de Tonalá, entró a tierras tonaltecas el 15 de marzo de 1530, recibido con obsequios y gran festejo. -
Su fundación se remonta a 1532, por lo que se considera la segunda cabecera municipal más antigua del estado de Zacatecas, por detrás de García de la Cadena.
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La fundación de Guadalajara fue larga y tortuosa. En 1522 los primeros conquistadores españoles, encabezados por Cristóbal de Olid comenzaron el proceso de conquista de los territorios que hoy conforman el estado de Jalisco.
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La tercera fundación de Guadalajara ocurrió en 1535 en la región de Tlacotán, sin embargo, los colonos fueron continuamente atacados por los indígenas de la región, orillándolos a buscar una nueva ubicación para la ciudad.
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Se fundó por el explorador español Cristóbal de Oñate el 25 de julio de 1540.
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Una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas (denominadas de forma genérica chichimecas pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados) del siglo XVI. Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas.
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Finalmente, el 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios.
Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, se calcula que la población inicial de la ciudad fue de aproximadamente 300 habitantes.