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La fundación de la ciudad se data en el año 830. También se construye la primera iglesia de Santiago, un sencillo templo que acogía en su interior el mausoleo de época romana.
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El 13 de agosto de 1521, el conquistador español Hernán Cortés tomó el control de todos los pueblos y ciudades en las orillas del lago, por solicitud de Hernán Cortés bloquearon las salidas de la ciudad y cortaron el acueducto que conducía agua potable a la ciudad. Además, mandaron una flota de 12 bergantines con un cañón cada uno y miles de balsas indígenas que arrasaron con la flota mexica.
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A partir de 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 comenzó el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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En 1529, cuando Nuño Beltrán de Guzmán, se entero de que cortes regresaba fortalecido de España decidió reunir un grupo de españoles e indios y emprender una expedición de conquista hacia las tierras del noroeste.
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La expedición partió de la ciudad de México por el rumbo de Toluca e Ixtlahuaca hasta Tzinzintzan.
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El 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios.