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Carl von Linné propone la clasificación de los seres llamada Sistema Naturae: reino mineral, reino vegetal y reino animal.
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Se incluye el primer "árbol botánico" en Ensayo de una nueva clasificación de los vegetales, de Augustin Augier. Señala las relaciones entre los vegetales, sin embargo, no su evolución.
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Charles Darwin propone la hipótesis que explica el proceso de la selección natural. Conceptos como parentesco, antecesor, descendiente, genealogía aparecen en su obra. A través del diagrama con ramificaciones, describe las relaciones de descendencia de los organismos.
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John Hogg crea el término "protoctista" para agrupar a los protozoos y protofitos.
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En la obra Generelle Morphologie der Organismen,Ernest Haeckel, representa a través de un árbol, las relaciones de parentesco de los organismos. Es probablemente el primer árbol evolutivo de la vida. Haeckel introdujo los árboles evolutivos como iconografía estándar para la filogenia.
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El botánico HF Copeland propuso el reino Monera o Bacteria, para poder incluir los procariotas.
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HF Copeland redefine el término protoctista e incluyó en él las formas unicelulares eucariotas y a sus descendientes pluricelulares y a los hongos.
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El ecólogo Robert H. Whittaker, propone separar los hongos de los vegetales, agrupándolos en el reino Mycetae o Fungi. Desde ese momento, quedan establecidos cinco reinos: monera, protista, plantae, fungi y animalia.
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Emile Zuckerkandl y Linus Pauling, sientan las bases para la comparación del orden en que se disponían los aminoácidos en las proteínas.
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Carl R. Woese, aplicó métodos para poder comparar los segmentos de ácidos nucleicos. Clasifica el árbol de la vida en tres grupos: bacteria, archaea y eukarya. Este profesor de la Universidad de Illinois, se basó en las diferencias encontradas en la secuencia del ARN ribosomal.
