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En octubre de 1469 Isabel de Castilla y Fernando de Aragón se casaron en Valladolid, pero esto no supuso la unión de los dos reinos.
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Isabel de Castilla y Fernando de Aragón neutralizaron la supremacía de Francia y, por medio de los enlaces matrimoniales de sus hijos, se establecieron alianzas con Inglaterra, Países Bajos, Austria y Portugal.
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A los dieciséis años los RRCC desposaron a Juana de Castilla con Felipe el Hermoso, hijo del emperador Maximiliano de Austria y Soberano ya de Flandes y Borgoña.
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Juana y Felipe no se conocían, pero desde el primer momento de sintieron profundamente atraídos. Se casaron el 18 de octubre de 1496 y desde ese momento residieron en Gante y Bruselas aunque Juana encontró dificultades para adaptarse.
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el 25 de febrero de 1500 nació Carlos, primer hijo varón de Juana y Felipe, al cual se le dio el titulo de duque de Luxemburgo como heredero del trono.
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Al morir los herederos de Castilla y Aragón, se reúnen en Toledo las Cortes de Castilla el 22 de mayo de 1502 y juran como heredera de la corona a Juana y como consorte al archiduque Felipe.
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Felipe decide volver a Flandes, y Juana se queda en Castilla por la insistencia de la reina Isabel. Pero en 1504, Juana se enfrenta a su madre en el castillo de la Mota y se embarca para Flandes.
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El 25 de noviembre de 1504 muere la reina Isabel. Su principal heredera era Juana, pero al no estar capacitada para este cargo, Las Cortes, reunidas en Toro, juraron a Fernando como Regente del reino de Castilla
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Juana y Felipe no están de acuerdo con lo acordado en las Cortes de Toro, por lo que van a España en abril de 1506. Felipe se apoya en la alta nobleza castellana y consigue la regencia gracias al Tratado de Villafáfila
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Felipe muere el 25 de septiembre de 1506, por lo que se formó un consejo de regencia presidido por el Cardenal Cisneros, el cual reclamó la vuelta de Fernando. Esta segunda regencia de Fernando duró de 1507 a 1516.
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El 15 de febrero de 1509, trasladan a la reina Juana y a su hija Catalina a Tordesillas, donde vivió 46 años bajo la custodia de los marqueses de Denia.
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Tras la muerte de Fernando el Católico en 1516, su nieto Carlos hereda sus estados patrimoniales. Carlos también heredó la Corona de Castilla. Hasta la llegada de este, asume la regencia el Cardenal Cisneros. Juana sigue encerrada en Tordesillas.
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Las Comunidades de Castilla se oponen al absolutismo monárquico de Carlos I, por lo que la reina vuelve a adquirir importancia ya que los comuneros se apoyan en Juana por considerarla la legítima soberana de Castilla. Los comuneros establecen su sede en Tordesillas, pero son derrotados.
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El 12 de abril de 1555 muere Juana de Castilla en Tordesillas. Su hijo Carlos morirá tres años más tarde