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Nació en Santoña (cantabria).
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Fue un navegante y cartógrafo español conocido por haber participado en siete de los primeros viajes a América y por haber dibujado el mapa más antiguo conservado en el que aparece el continente americano.
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Juan de la Cosa tuvo un papel destacado en el primer y el segundo viaje de Cristóbal Colón a las Antillas y en 1499 participó como piloto mayor en la expedición de Alonso de Ojeda a las costas del continente sudamericano.
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En 1499-1500 organizó su propia expedición de descubrimiento por las costas de Guayana y Venezuela, en la que le acompañaron Alonso de Ojeda y Américo Vespucio.
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Al regresar a la Península elaboró para los Reyes Católicos el primer mapa en el que aparece el continente americano, obra fechada en 1500 en el Puerto de Santa María, que le ha proporcionado su lugar en la historia.
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Juan de la Cosa gozó en vida de un gran prestigio como navegante (que los reyes reconocieron otorgándole cargos y repartimientos, y convocándole a la Junta de Burgos, en la que reunieron en 1507 a los cuatro mejores marinos del momento). Participó en cuatro viajes más a las costas de lo que hoy son Venezuela, Colombia y Panamá, en 1500, 1504, 1507 y 1509
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En los años siguientes alterno viajes a América bajo su propio mando con encargos especiales de la Corona, incluyendo una misión como espía en Lisboa y la participación en la Junta de pilotos de Burgos de 1508.
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En 1509 emprendió la que sería su última expedición, de nuevo junto a Ojeda, para tomar posesión de las costas de la actual Colombia.
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La Cosa murió en un enfrentamiento armado con indígenas antes de poder llegar a ejercer su cargo de alguacil mayor de Urabá.
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Juan de la cosa murió en Turbaco (Colombia)