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Nació en Sherewsbury (Reino Unido)
Tuvo tres hermanas , dos mayores y una más pequeña, además de un hermano cinco años mayor que el. -
Su educación transcurrió en la escuela local.
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Ingresó en la Universidad de Edimburgo para estudiar medicina (decisión de su padre) aunque el no logró interesarse por la carrera, ya que le repugnaban las operaciones quirúrgicas. La gran herencia de su padre le iba a permitir una buena subsistencia sin necesidad de trabajar como médico.
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Después de dos cursos su padre le propuso que hiciera la carrera eclesiástica, ingresó en en el Christ's College y comenzó la carrera en 1828. Además fue a clases voluntarias en Cambrigde de un botánico y entomólogo, John Henslow, su amistad le reporto 'un beneficio inestimable' y tuvo una intervención directa en dos acontecimientos que determinaron su futuro: la expedición a Gales y el viaje del Beagle.
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Al terminar de estudiar, Henslow (un reverendo) lo convenció de que aprendiese más sobre la geología, gracias a las clases recibidas en Edimburgo le habían hecho concebir verdadera aversión, y le presentó a Adam Sedgwick, fundador del sistema cambriano, quien inició precisamente sus estudios sobre el mismo en una expedición al norte de Gales.
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La importancia de la figura del reverendo en la vida de Darwin se mide por el hecho de que fue Henslow quien le dió la oportunidad de embarcarse como naturalista con el capitán Robert Fitzroy y acompañarle en el viaje que éste se proponía realizar a bordo del Beagle alrededor del mundo. Al principio su padre se opuso al proyecto, sólo cambiaría de opinión si 'alguien con sentido común' era capaz de considerar aconsejable el viaje.
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El objetivo era completar el estudio topográfico de los territorios de la Patagonia y Tierra del Fuego, el trazado de las costas de Chile, Perú y algunas islas del Pacífico, además se crearon medidas cronométricas alrededor del mundo. El estudio de la geología fue el factor que más contribuyó a convertir el viaje en la verdadera formación de Darwin como investigador, ya que con él entró en juego la necesidad de razonar.
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Salió de Davenport, tras estar dos meses en Plymouth mientras la nave estaba siendo reparada de viajes anteriores. Darwin contaba con dolores de corazón debido a los nervios. Sin saberlo, había corrido el riesgo de ser rechazado por Robert Fitzroy, ya que el capitán era seguidor de las teorías fisiognómicas estimó que Darwin no revelaba la energía y determinación suficientes para la empresa.
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Darwin se llevó consigo el primer volumen de los Principios de geología de Charles Lyell, autor de la teoría de las causas actuales y sería su colaborador en la exposición del evolucionismo; desde el reconocimiento de los primeros terrenos geológicos que visitó, Darwin quedó convencido de la superioridad del enfoque de Lyell. En Santiago tuvo la idea de que las rocas blancas habían sido producidas por la lava derretida, que se deslizaron hasta el fondo del mar arrastrando conchas y corales.
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Hacia el final del viaje, Darwin tuvo noticia de que Adam Sedgwick había expresado a su padre la opinión de que el joven se convertiría en un científico importante; el acertado pronóstico era el resultado de la lectura por el reverendo Henslow, ante la Philosophical Society de Cambridge, de algunas de las cartas remitidas por Darwin.
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Trabajó en la redacción de su diario del viaje y en la elaboración de dos textos que presentaban sus observaciones geológicas y zoológicas. Instalado en Londres desde marzo de 1837, se dedicó a ser secretario honorario de la Geological Society y tomando contacto con Charles Lyell. En julio empezó a escribir su primer cuaderno de notas sobre sus nuevos puntos de vista acerca de la 'transmutación de las especies' y los cambios de plantas y animales domésticos por la intervención de criadores.
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Se casó con su prima Emma Wedgwood. Residieron en Londres hasta septiembre de 1842, buscando un género de vida que se adecuase mejor a los frecuentes períodos de enfermedad que tenia Darwin. En la vida social, vivieron allí hasta el final de sus días.
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Charles Lyell aconsejó a Darwin que trabajara en el completo desarrollo de sus ideas acerca de la evolución de las especies.
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Cuando se hallaba hacia la mitad del trabajo, sus planes se fueron al traste ya que en verano de 1858 recibió un manuscrito que tenia una explícita exposición de una teoría de la evolución por selección natural, que coincidía con sus propios puntos de vista. El texto, era obra de Alfred Russel Wallace, un naturalista que desde 1854 estaba en el archipiélago malayo y que en 1856 le envió a Darwin un artículo sobre la aparición de nuevas especies.
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Los primeros 1.250 ejemplares se vendieron el mismo día de su aparición.Las implicaciones teológicas de la obra, que atribuía a la selección natural facultades hasta entonces reservadas a la divinidad, fueron causa de que inmediatamente empezara a formarse una oposición liderada por Richard Owen. Darwin contaba con el apoyo del zoólogo Thomas Henry Huxley.
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Darwin se mantuvo apartado de la intervención directa en la controversia pública hasta 1871, cuando se publicó: 'El origen del hombre y la selección en relación al sexo', expuso sus argumentos a favor de la tesis de que el hombre había aparecido sobre la Tierra por medios naturales. Tres años antes había aparecido su estudio sobre la variación en animales y plantas por los efectos de la selección artificial, en el que trató de formular una teoría sobre el origen de la vida en general.
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Obra seminal de lo que luego sería el estudio moderno del comportamiento, Darwin puso fin a sus preocupaciones por los problemas teóricos y dedicó los últimos diez años de su vida a diversas investigaciones en el campo de la botánica.
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A finales de 1881 comenzó a padecer graves problemas cardíacos, y falleció a consecuencia de un ataque al corazón.
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El 27/12/39 nació su primer hijo, inició con él una serie de observaciones, que se prolongaron a lo largo de los años, sobre la expresión de las emociones en el hombre y en los animales. Tuvo diez hijos, seis niños y cuatro niñas, nacidos entre 1839 y 1856, de los que dos niñas y un niño murieron en la infancia.