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En noviembre de 1837 viaja a Viena por deseo de su padre para licenciarse en Derecho austraco, pero su participacion en una autopsia le hace abandonar el derecho y comienza a cursar estudios en el Allgemeines KrankenHaus, Hospital General de Viena, donde se convertira en alumno de Joseph Skoda, Carl von Rokitansky y Ferdinand von Hebra, tres insignes medicos austracos.
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En 1839 se inaugura la Escuela de Medicina de Budapest y regresa a su ciudad natal para continuar alli su formacion, pero en 1841 vuelve a Viena, descontento con la enseanza recibida en Pest.
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En 1844 se licencia en Medicina y pasa los dos aos siguientes trabajando con Rokitansky y dedicado al estudio de la infeccion en el campo de la cirugia. Durante este tiempo nacen, a la vez, su recurrente inquietud y su permanente insatisfaccion: "Todo lo que aqui se hace me parece muy inutil; los fallecimientos se suceden de la forma mas simple. Se continua operando, sin embargo, sin tratar de saber verdaderamente por que tal enfermo sucumbe antes que otros en casos identicos".
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En 1846, con 28 aos, obtiene el doctorado en obstetricia y es nombrado asistente del profesor Klein, en una de las Maternidades del Hospicio General de Viena. Es el comienzo de una obsesin.
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Semmelweiss tuvo que enfrentarse a una feroz oposicion por parte de los funcionarios sanitarios y, debido tambien a sus actividades politicas, abandono Viena en 1850, y se dirigio a la Universidad de Pest, donde fue nombrado catedratico de obstetricia del hospital universitario.
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En 1854, tras la muerte de profesor Birly, es nombrado profesor de la Maternidad del clnico de la Universidad de Pest, y a partir de ese momento prcticamente desaparece la mortalidad por sepsis puerperal. El ambiente hostil le empuja a escribir una carta a todos los profesores de obstetricia.
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La escribi en 1860 pero fue publicada en 1861
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En abril de 1865, tras presentar sntomas de mejora, es dado de alta. Aprovecha su libertad para entrar en el pabelln de anatoma donde, delante de los alumnos, abre un cadver y utiliza despus el mismo bistur para provocarse una herida. Skoda acude a Budapest, pero tras tres semanas de fiebre y los mismos sntomas que los de las mujeres que tantas veces vio morir, l mismo fallece a los 47 aos en brazos de su profesor.
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