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Nace en Buda, en la orilla derecha del Danubio, en un barrio comercial de la capital hngara de poblacin mayoritariamente alemana.
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Cursa estudios elementales en el "Gimnasio Catolico de Buda", y desde 1835 a 1837 se forma en la Universidad de Pest, al otro lado del rio.
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En noviembre de 1837 viaja a Viena por deseo de su padre para licenciarse en Derecho austriaco, pero su participacion en una autopsia le hace abandonar el derecho y comienza a cursar estudios en el Allgemeines KrankenHaus, Hospital General de Viena, donde se convertira en alumno de Joseph Skoda[2] (profesor de clinica medica), Carl von Rokitansky[3] (profesor de anatomia patologica) y Ferdinand von Hebra[4] (profesor de dermatologia), tres insignes medicos austriacos.
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En 1839 se inaugura la Escuela de Medicina de Budapest y regresa a su ciudad natal para continuar all su formacion, pero en 1841 vuelve a Viena, descontento con la educacion recibida en Pest.
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En 1844 se licencia en Medicina y pasa los dos anyos siguientes trabajando con Rokitansky y dedicado al estudio de la infeccion en el campo de la cirugia.
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En 1846, con 28 anyos, obtiene el doctorado en obstetricia y es nombrado asistente del profesor Klein, en una de las Maternidades del Hospicio General de Viena.
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En 1854, tras la muerte de profesor Birly, es nombrado profesor de la Maternidad del clinico de la Universidad de Pest, y a partir de ese momento practicamente desaparece la mortalidad por sepsis puerperal.
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Sufre alucinaciones.Algunos autores han sugerido la posibilidad de que Semmelweis hubiera padecido durante estos anyos algun tipo de demencia precoz, o Alzheimer. En abril de 1865, tras presentar sintomas de mejora, es dado de alta. Aprovecha su libertad para entrar en el pabellon de anatomia donde, delante de los alumnos, abre un cadaver y utiliza despus el mismo bisturi para provocarse una herida.
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Skoda acude a Budapest, pero tras tres semanas de fiebre y los mismos sintomas que los de las mujeres que tantas veces vio morir, el mismo fallece a los 47 anyos en brazos de su profesor. El Hospicio General de Viena es actualmente un edificio rosa con verja negra; en su interior puede verse la estatua de un hombre sobre un pedestal que representa al profesor Semmelweis. Bajo la efigie se ha colocado una placa con la inscripcion: "El salvador de las madres".
