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En 1990, su hermano Marco Augusto ocupó la Primera Secretaría del Poder Legislativo y decidio llamarlo para que fuera su Asistente Ejecutivo durante ese periodo, lo que le permitió conocer más de cerca a muchos líderes del Partido Nacional.
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Se lanza como candidato a diputado para las elecciones de 1997. Por primera vez, la papeleta para diputados era separada, aunque sin fotografía.
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Logra su primera diputación por el departamento de Lempira, sobrepasando al entonces primer diputado liberal.
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Fungió como diputado por el departamento de Lempira en tres periodos consecutivos, habiendo sido nombrado subjefe de la bancada en el período 1998-2002.
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En su segundo período como diputado por Lempira, fungió como primer secretario de la Junta Directiva del Congreso Nacional.
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Inicia su tercer período en el Legislativo, integrando las comisiones de Competitividad, Presupuesto II, Telecomunicaciones y Seguimiento de la Reforma Universitaria.
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El diputado Juan Orlando Hernández es elegeido como nuevo titular del Congreso Nacional de Honduras para el período 2010-2014.
