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Alfaro triunfó contra un sector del liberalismo, la burguesía liberal y el latifundismo. Lo apoyaban los militares y los sectores populares. Consideraba que faltaban tres puntos en su programa: reformas laicas, terminar la construcción del ferrocarril, y el desarrollo de la
industria nacional. -
La Constitución de 1906 la "Carta Magna" liberal proclamó en forma definitiva el Estado laico, separándolo de la Iglesia católica. Fortaleció al Ejecutivo, al Congreso bicameral y a la Función Jurisdiccional. Consagró la enseñanza libre e incluso la gratuidad de la educación primaria y la de artes y oficios.
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El rey de España, que fungía como árbitro del conflicto, preparaba la resolución para la disputa territorial entre Ecuador y Perú. Alfaro lo impidió y fue al frente al mando del ejército.
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El presidente Estrada murió a los pocos meses por problemas de salud, fue sustituido por el presidente del senado Carlos Freire
Zaldumbide. -
Los grupos partidarios de Alfaro se levantaron en armas y llamaron a su líder, pero el presidente Zaldumbide y el Ejército se negaron a cualquier arreglo. Alfaro y sus seguidores más cercanos fueron apresados y enviados a Quito.
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Se presentaron cuatro candidatos. Ganó el candidato alfarista, Emilio Estrada, pero poco tiempo después Alfaro trató de derrocarlo. Tal intento causó la reacción de los liberales, de la oposición y del Ejército.
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Una multitud asaltó la cárcel y asesinó a los presos, los arrastró por las calles de Quito y, finalmente, los quemó en El Ejido.