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Fue impulsor de la Contra-reforma junto con Santa Teresa y fue el puente entre la Iglesia y la modernidad naciente. Una herencia que dejó a la Iglesia y sociedad fueron sus ejercicios espirituales y un método para el discernimiento de espíritus. Un hombre libre, soñador y fiel a la Iglesia.
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participó en la rebelión de la villa contra la decisión de Carlos I de otorgarla en señorío a la reina Germana de Foix junto a las vecinas Olmedo y Madrigal de las Altas Torres. Tras la rendición de Arévalo, en marzo de 1517, y presenciar la ruina y muerte de Juan Velázquez de Cuéllar, continuó realizando frecuentes viajes a Valladolid, manteniéndose siempre muy cerca de la Corte, ya que su protector era consejero real, además de contador mayor del reino.
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Iñigo, que luchaba con el ejército castellano y se encontraba en Pamplona en mayo de ese año, cuando llegaron las tropas franco-navarras, resistió en el castillo de la ciudad, que fue asediado, arengando a sus soldados a una defensa que resultaba imposible.12 En el combate fue alcanzado por una bala de cañón que pasó entre sus dos piernas, rompiéndole una e hiriéndole la otra.
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En esta etapa vivió en una cueva en donde meditó y ayunó. De esta experiencia nacieron los Ejercicios espirituales, que serían editados en 1548 y son la base de la espiritualidad ignaciana.
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En Barcelona se hospedó en el Monasterio de Montserrat de los benedictinos (25 de marzo de 1522), donde colgó su vestidura militar frente a la imagen de la Virgen y abandonó el mismo con harapos y descalzo. De esa forma llegó a Manresa, donde permanecería diez meses, ayudado por un grupo de mujeres creyentes, entre las cuales tuvo fama de santidad.
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Su amiga Isabel Roser le aconsejó que iniciase estudios. Aprendió latín y se inscribió en la universidad. Estudió en Alcalá de Henares desde 1526 a 1527; vivió y trabajó en el Hospital de Antezana como enfermero y cocinero para los enfermos.
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Fue a Salamanca, hablando a todos sobre sus ejercicios espirituales, cosa que no fue bien vista por las autoridades y le acarreó algunos problemas, y lo llegaron a encarcelar algunos días. En vista de la falta de libertad para su plática en España, decidió irse a París.
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Llegó a Roma y, seguidamente, el 4 de septiembre de 1523 a Jerusalén, de donde tuvo que volver a Barcelona.
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En febrero de 1528 entró en la Universidad de París, donde permaneció más de siete años, aumentando su educación teológica y literaria, y tratando de despertar el interés de los estudiantes en sus Ejercicios espirituales.
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Para 1534, tenía seis seguidores clave: Francisco Javier, Pedro Fabro, Alfonso Salmerón, Diego Laínez, Nicolás de Bobadilla y Simão Rodrigues (portugués).
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El 15 de agosto de 1534 los siete juraron en Montmartre «servir a nuestro Señor, dejando todas las cosas del mundo» y fundaron la Sociedad de Jesús, que luego sería llamada la Compañía de Jesús. Decidieron viajar a Tierra Santa y, si no podían, ponerse a las órdenes del papa.
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Ignacio partió para su tierra por motivos de salud, donde permaneció tres meses. Luego hizo varias visitas a los familiares de sus compañeros, entregando cartas y recados, y se embarcó para Venecia, donde pasó todo el año de 1536, que aprovecharía para estudiar. El 8 de enero de 1537 llegaron los compañeros de París.
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El papa Paulo III les dio la aprobación y les permitió ordenarse sacerdotes. Fueron ordenados en Venecia por el obispo de Arbe el 24 de junio.
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Ignacio celebraría su primera misa en la noche de Navidad del año 1538. En ese tiempo se dedicaron a predicar y al trabajo caritativo en Italia. Partió a Roma a pedir permiso para ir a Jerusalén y se lo dieron, pero por problemas bélicos no pudieron llegar y se pusieron a las órdenes del papa.
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En el viaje a Roma sucedió un hecho importante en la vida de Ignacio. En La Storta, localidad al norte de Roma, tuvo una experiencia espiritual de excepcional trascendencia. Jesus le dijo que serviria para el.
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En octubre de 1538, Ignacio se encaminó hacia Roma, junto con Fabre y Laínez, para la aprobación de la constitución de la nueva orden. Un grupo de cardenales se mostró a favor de la constitución y Paulo III confirmó la orden mediante la bula Regimini militantis, pero limitaba el número de sus miembros a sesenta. Esta limitación fue revocada a través de la bula Injunctum nobis. Así nacía la Societas Iesu, la Compañía de Jesús o, como se le conoce comúnmente, «los Jesuitas».
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En abril de 1541, Ignacio fue elegido superior general de su orden religiosa. Envió a sus compañeros como misioneros por Europa para crear escuelas, universidades y seminarios donde estudiarían los futuros miembros de la orden, así como los dirigentes europeos.
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En 1551 Ignacio de Loyola quiso que se le sustituyera al frente de la Compañía, pero su solicitud de renuncia fue rechazada. Al año siguiente murió Francisco Javier, a quien Ignacio tenía en mente para que le supliera.
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En 1548, sus Ejercicios espirituales fueron finalmente impresos y fue llevado incluso ante la Inquisición romana, pero fue rápidamente exculpado. Ignacio, con la ayuda de su secretario Juan Alfonso de Polanco, escribió las Constituciones jesuitas, adoptadas en 1554, las cuales crearon una organización monacal, exigiendo absoluta abnegación y obediencia al papa y superiores
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Murió el 31 de julio de 1556 en su celda de la sede de los Jesuitas en Roma, como consecuencia de una larga enfermedad ligada a la vesícula.14