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A pocos años de realizada la conquista por parte de los españoles, se suceden levantamientos el sureste, lo que ahora es el estado de Guerrero, Oaxaca, Nayarit, Jalisco y áreas circunvecinas.
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Vuelve a surgir la rebelión de los acaxées, después la de los tepehuanes en 1616
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Estalló una sublevación entre los mayas de Yucatán, su dirigente fue capturado sometiéndolo para que confesara y se convirtiera al cristianismo, pero como estaba resuelto a permanecer fiel a sus creencias fue ahorcado
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Los cochimíes en el norte y los pericúes en el sur se propusieron destruir todo rasgo de la religión cristiana, mediante una insurrección que estalló arrasando cuatro misiones.
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Durante la segunda mitad del siglo XVIII ocurre un movimiento del que ha llegado más información a esta época. Se trata de la rebelión de Jacinto Canek de los mayas de Yucatán
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La conocida Guerra de Castas de Yucatán comenzó en 1847 y se prolongó por más de medio siglo, es decir, hasta 1901, aunque continuaron los enfrentamientos todavía en el año 1915 y la pacificación total no se logró sino hasta 1937
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Uno de los movimientos indígenas más significativos de la época contemporánea fue el Movimiento Nacional Indígena (MNI), creado en el año de 1973 con participación mayoritaria de profesores bilingües, a quienes el Estado les endosó la representación de sus pueblos y comunidades, sin tenerla, a cambio de que legitimaran sus políticas indigenistas.
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Estado impulsó la creación del Consejo Nacional de Pueblos Indígenas (CNPI), integrado por los Consejos Supremos que se crearon de manera corporativa por todo el país.
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En el estado de Chiapas apareció públicamente el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN), aquel 1 de enero de 1994.
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En 1977 se creó la Asociación Nacional de Profesionistas Indígenas Bilingües A. C. (ANPIBAC) con el apoyo del gobierno, que los necesitaba para promover la aculturación de los pueblos indígenas y de esa manera se integraran a la ‘cultura nacional’