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Le correspondió gobernar en dos ocasiones: la primera, del 7 de agosto al 3 de noviembre de 1898, mientras se posesionaba Sanclemente; y la segunda, desde el 31 de julio de 1900, cuando con su grupo político conservador derrocó al presidente Sanclemente
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Ejerció durante el período conocido como el Quinquenio Reyes o la Dictadura Reyes. Se posesionó con los lemas: «Paz, concordia y trabajo» y «Menos política, más administración»,
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En 1909 González Valencia, como jefe visible del conservatismo, establece con el liberal Nicolás Esguerra un movimiento suprapartidista al que se denomina Unión Republicana
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en su gobierno buscó la clara separación de las ramas del poder público, el fortalecimiento del Estado de derecho, la autonomía del Estado frente al poder de la Iglesia
