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La constitución adoptó el sistema acusatorio para sustituir el sistema inquisitivo, otorgando poderes a la figura del fiscal general. Se cambiaron las normas de los Estados de Excepción (art. 212-215) y la Ley Estatutaria (Ley 137 de 1994) y el "Estado de Conmoción Interior".
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Durante su gobierno, destacaron la creación del Ministerio de Cultura; la entrega de tierras a las comunidades indígenas y afrocolombianas; además del programa Plante, para la sustitución de cultivos ilícitos y la aprobación de los protocolos I y II de la Convención de Ginebra
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el conservador Andrés Pastrana hizo historia por una iniciativa de paz con las FARC tan bienintencionada como abocada al fracaso. Fueron los Diálogos de San Vicente del Caguán, basados en la concesión a la guerrilla de la llamada Zona de Distensión, una vasta zona selvática en la que el mandatario se adentró para sostener arriesgados encuentros personales con el máximo jefe de los subversivos, Manuel Marulanda, quien en realidad no tenía ninguna voluntad de dejar las armas.