-
Tahun 1512, Portugis datang ke Maluku bersamaan dengan Spanyol hingga munculah persaingan. Spanyol diterima dengan baik oleh Kerajaan Tidore. Kehadiran Spanyol di Tidore justru diprotes oleh Portugis karena dianggap telah melanggar Perjanjian Tordesillas (1494). Maka, dua bangsa Eropa tersebut melakukan peperangan. Portugis dibantu oleh Kerajaan Ternate, sementara Spanyol dibantu oleh Kerajaan Tidore. Untuk menyelesaikan perselisihan dibentuklah Perjanjian Saragosa. -
Di antara rakyat Maluku, masyarakat Hitu menjadi yang pertama melakukan peperangan menghadapi Portugis. Perlawanan rakyat Hitu mulai dilancarkan pada 1520 M dan berlanjut pada 1525 M, di mana pihak Portugis menderita kekalahan. Delapan tahun berikutnya, Portugis mencoba memengaruhi Hatiwe di Hitu bagian selatan, untuk menyerang Hitu. -
Pada awalnya, Ternate bekerjasama dengan bangsa Portugis untuk memerangi Tidore. Namun, koalisi ini akhirnya mengalami perpecahan. Peperangan mulai dilancarkan oleh rakyat Ternate pada 1530-an, ketika sultan-sultan mereka dilanggar kedaulatannya oleh Portugis. -
Pasukan Hitu bersama pasukan bantuan dari Jepara menyerang Hatiwe terlebih dulu. Dalam pertempuran ini, pihak Portugis kembali menderita kekalahan di mana pasukannya banyak yang tewas dan senjatanya dirampas oleh pejuang Hitu. Pada 1537 M dan 1570 M, pasukan Hitu dan Portugis kembali terlibat dalam pertempuran sengit. Setelah sempat terdesak oleh kekuatan Portugis, Hitu akhirnya mampu mengusir Portugis pada 1574 M, dibantu oleh pasukan dari Seram Barat. -
Di Ternate, salah satu tokoh perlawanan yang paling terkenal adalah Sultan Khairun, yang mulai melakukan serangan pada 1565 M. Sultan Khairun terus menggempur benteng-benteng Portugis hingga membuat kedudukannya terdesak. Menghadapi situasi itu, Portugis menangkap dan mengasingkan Sultan Khairun di sebuah benteng. -
Seluruh kekuasaan Portugis yang ada di Maluku telah jatuh dan suku-suku kerajaan pribumi juga mendukung aksi perebutan kekuasaan tersebut. Hingga akhirnya, hanya tersisa benteng Sao Paulo yang masih dalam pengepungan. Selama lima tahun lamanya, orang-orang Portugis hidup menderita di dalam benteng dan terputus dari dunia luar, sebagai balasan atas pengkhianatan mereka terhadap Sultan Hairun. -
pemberontakan terjadi dimana-mana dengan menjadikan bangsa Portugis sebagai sasaran. Akhirnya, sebelum tahun 1576, wilayah Ternate sudah ditinggalkan oleh para bangsa Portugis.