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Se difundió la creencia de que la conjunción de planetas podía generar gases tóxicos que causaban enfermedades. En Babilonia y la Grecia Antigua, se creía que los astros influían en la salud. Durante la Edad Media, se difundió la idea de que la conjunción de Saturno, Júpiter y Marte causaba la peste negra. Se llegó a asociar pandemias como el cólera con la aparición del cometa Halley.
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Durante la Peste Negra, se atribuyó su origen a castigos divinos y se practicaron rituales religiosos para su curación. Se creía que las enfermedades eran un castigo divino por los pecados cometidos.
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Se han encontrado cráneos prehistóricos con trepanaciones, posiblemente para liberar demonios causantes de enfermedades, En diversas culturas antiguas, la enfermedad se atribuía a espíritus malignos o demonios.
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Hipócrates desarrolla la teoría de los cuatro humores (sangre, flema, bilis amarilla y bilis negra), postulando que el desequilibrio entre ellos es la causa de la enfermedad. Hipócrates influyendo en la medicina occidental por siglos. Se pensaba que la enfermedad quirúrgica del desequilibrio de estos fluidos se podía curar mediante sangrías, dietas y purgas.
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Hipócrates propuso una clasificación sintomatológica de las enfermedades. En fitopatología, John Baptiste Zallinger propuso en el siglo XVIII cinco categorías basadas en síntomas. Con el descubrimiento de microorganismos, la clasificación se volvió más precisa, diferenciando entre bacteriosis, virosis y micosis.
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Galeno clasificó las causas de la enfermedad en eficientes, antecedentes y predisponentes. Más adelante, los estudios en fitopatología distinguieron entre causas directas (microbios) y secundarias (factores ambientales). Actualmente, se considera que la enfermedad es un proceso complejo en el que interactúan múltiples factores, como la genética, el ambiente y los agentes infecciosos.
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La hambruna en Irlanda causada por el tizón tardío de la papa es una de las primeras evidencias de interacción entre hospedero, patógeno y ambiente. Inspirada en la medicina, la fitopatología adoptó la noción de que una enfermedad, este modelo epidemiológico se aplica tanto en plantas como en humanos.
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Se creía que la cólera en Londres era causada por "aires pestilentes", hasta que John Snow demostró que se transmitía por agua contaminada. Esta idea prevaleció hasta el siglo XIX y fue utilizada para justificar medidas de saneamiento, aunque sin comprender la verdadera causa microbiana de las enfermedades.
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Anton de Bary confirma experimentalmente que los hongos son la causa de enfermedades en plantas, anticipándose a Pasteur y Koch. Louis Pasteur y Robert Koch desarrollaron la teoría del germen, que desplazó las explicaciones anteriores. Los microorganismos específicos causan enfermedades y se formulan los postulados de Koch para determinar la relación entre un patógeno y una enfermedad.
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Se descubren virus como agentes, la teoría clásica de sobre la necesidad de cultivos en laboratorio la causalidad de enfermedades. Antes de Pasteur y Koch, investigadores como Girolamo Fracastoro ya hablaban de "semillas" de enfermedades. Jakob Henle y Edwin Klebs fueron pioneros en la experimentación con agentes infecciosos, y Anton de Bary en fitopatología demostró la transmisión de enfermedades en plantas.
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