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Los reyes no unieron sus reinos después del enlace, el cual tuvo lugar en Valladolid, como era común en la época.
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Ambos reyes influyeron positivamente en la política europea, desplazando a Francia. Gracias a los matrimonios de sus hijos lo rodearon, creando alianzas con Inglaterra, Paises Bajos, Austria y Portugal.
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Fue la segunda hija del matrimonio.
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Los novios no se conocían antes de la boda, pero en cuanto se vieron se enamoraron, ignorando las características políticas del enlace. después de la boda residieron Gante y Bruselas.
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Nació su primer hijo varón, Carlos duque de Luxemburgo y heredero del trono. Siendo el segundo de sus seis hijos.
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Después de la muerte de su hermano Juan, de su hermana Isabel y el hijo de esta última, se nombró heredera de la corona a Juana y Felipe como consorte, en Zaragoza.
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Juana se queda en castilla por orden de su madre, mientras que Felipe regresa a Flandes. Esta separación se termina cuando Juana se enfrenta a su madre y vuelve con su esposo en Flandes.
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En su testamente nombra como sucesora a su hija Juana y en el caso de que no pudiera asumir la corona por enfermedad o ausencia, su esposo Fernando de Aragón asumiría la regencia.
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Al no estar de acuerdo con lo acordado en las Cortes de Toro, Juana y Felipe vuelven a España. Su esposo desea la regencia, por lo que gracias a la alta nobleza castellana lo logra con el Tratado de Villafáfila. Mientras esto ocurría, su padre Fernando se retira a Aragón y vuelve a casarse.
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A su muerte se declara a Fernando de Aragón como regente, este periodo duraría de 1507 a 1516
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Fue encerrada en Tordesillas, en Valladolid, junto a su hija Catalina bajo la custodia de los marqueses de Denia. Su encierro duraría 46 años.
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A la muerte de Fernando el Católico, deja como sucesor al primogénito de Juana, heredero también de la corona de castilla. mientras el nuevo rey viajaba desde Flandes, el Cardenal Cisneros asumió la regencia hasta su llegada.
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Los comuneros al no estar de acuerdo con el absolutismo monárquico de Carlos I, este grupo se apoya en la figura de Juan al ser considerada como la legitima reina de Castilla. establecieron su base en Tordesillas, pero fueron derrotados.
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Finalmente Juana muere en Tordesillas, después de 46 años de encierro.
Su hijo Carlo I muere tres años después.