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Empieza el sitio en la gran Tenochtitlán el cual duró aproximadamente 3 años. Al morir Moctezuma subió al poder de Cuitláhuac. El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Don Alfonso de Avalos llegó por el rumbo de Mazamitla en 1521, los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz. Una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522, dice que Don Alfonso de Avalos fundó la ciudad de “Sayula como capital de la Provincia de Avalos “.
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La conquista y la colonización definitivas de estas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por el licenciado Nuño Beltrán, partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco, se posesionó de Tonalá y de las poblaciones aledañas. Se esclavizó a los alzados y se impuso la encomienda, que en términos prácticos equivalía a una esclavitud encubierta.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, que yacían aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partieron el día 21 de diciembre del año 1529.
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La primera fundación de Guadalajara sucedió en 1532 en Nochistlán. La Villa de Guadalajara fue fundada por 42 vecinos, sin embargo, duró poco menos de un año en ese lugar, cuando se decidió trasladar la ciudad a un lugar donde hubiera más agua y mejores condiciones de vida.
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La segunda fundación de Guadalajara se hizo en Tonalá, donde permanecería durante aproximadamente 2 años.
Tonalá fue fundada por indígenas zapotecas, quienes con el tiempo se mezclaron con otras tribus, entre ellas los toltecas que lograron imponer sus costumbres, religión y técnicas militares, entre otras cosas. 1534 -
La tercera fundación de Guadalajara ocurrió en 1535 en la región de Tlacotán, sin embargo, los colonos fueron continuamente atacados por los indígenas de la región, orillándolos a buscar una nueva ubicación para la ciudad. Tlacotán es un pueblo situado a 65 kilómetros del Área Metropolitana de Guadalajara y forma parte del municipio de Ixtlahuacán del Río.
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Su táctica le granjearía siniestra fama: sitiaba los poblados indígenas, se apropiaba de los alimentos y cultivos, incendiaba todo, y aplicaba tormentos a los caciques para lograr información sobre territorios de fabulosas riquezas, de los que ellos no tenían la menor idea. Ante las acusaciones partió a la Ciudad de México donde fue encarcelado y más tarde se le condujo a España, donde enfrentó el juicio de residencia, y murió en la miseria en 1550.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias naciones indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI. (1540)
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La región fue explorada por el Capitán Francisco Cortés de San Buenaventura, sobrino de Hernán Cortés, dicha exploración ocurrió entre los años 1524 y 1525 sin mayores consecuencias. El 25 de enero de 1531 Nuño de Guzmán ordenó que se nombrara al territorio conquistado como "Santiago de Galicia de Compostela" como capital pero posteriormente decidió renombrarlo como "Santiago de Galicia de Compostela" y el 25 de julio de 1540, se cambió la ciudad desde Tepic, a su ubicación actual.
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Finalmente, el 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios. El Valle de Atemajac se encuentra sobre la Cuenca Lerma-Santiago, en la Vertiente del Pacífico.