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La ciudad indígena de México-Tenochtitlan -hoy Ciudad de México- fue capturada luego de un estado de sitio y batallas encarnizadas que se prolongaron durante tres meses. Era la conquista de México, la cual fue protagonizada por miles de guerreros con rostro y color de piel familiar para los mexicas que gobernaban aquella imponente urbe.
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Don Alfonso de Avalos llegó por el rumbo de Mazamitla en 1521, los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz. Una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522, dice que Don Alfonso de Avalos fundó la ciudad de “Sayula como capital de la Provincia de Avalos “.
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A partir de 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 comenzó el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.El lugarteniente fue Cristóbal de Oñate (Vitoria u Oñate, Guipúzcoa, 1504- Nueva España, 6 de octubre 1567) y el Maestre de Campo Antonio de Villarroel.
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El 24 de marzo de 1530 fue recibido pacíficamente por la hueytlatoani Itzcapilli Tzapotzinco. Fue atacado, empero, por los disidentes, y tras una dura batalla que fue ganada –a decir de los españoles– con la ayuda del apóstol Santiago el Mayor, se posesionó de Tonalá y de las poblaciones aledañas.
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Nochistlán, la fundó el 5 de enero de 1532, Juan Cristóbal de Oñate quien al efecto había sido comisionado por Nuño de Guzmán.
Tonalá, después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá donde permanecieron durante dos años.
Tlacotán, la fundación en Tlacotlán ocurrió en 1535.
Fundación en el Valle de Atemajac, 14 de febrero de 1542. -
En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña el 25 de enero de 1531 por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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La primera rebelión fue la guerra del Mixtón durante 1541 y 1542 por los malos tratos de los españoles hacia los indígenas, misma que representó el inicio de los cincuenta años de resistencia al yugo español. Los escenarios principales de la guerra fueron: Nochistlán, Teocaltiche, Jalpa y Juchipila.