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Los restos arqueológicos más antiguos que se han podido encontrar en Molina pertenecen a la época del paleolítico medio con la civilización Musteriense, asociada al Homo Neanderthalensis. Algunos restos de esta civilización los podemos encontrar en el Yacimiento de las Toscas, situado en el sector más meridional de la cuenca alta del segura
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En la pedanía del Fenazar se confirma la presencia humana en asentamientos del Bronce Final, pertenecientes a la cultura argárica, característica del valle del Segura. Se evidencia el desarrollo de las agricultura por la gran cantidad de molinos de mano que han aparecido, así, como dientes de hoz para el corte y recolección de cereales y frutos.
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La posición estratégica de Molina de Segura dada la encrucijada natural de caminos en la que se encuentra llamó la atención de otras poblaciones como es el caso de la romana, que hicieron de ella un lugar de paso debido a que comunicaba la ciudad Carthago Nova con Complutum.
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En las excavaciones realizadas a principios y a finales del siglo XX asociadas a las murallas de Molina, se da una constancia de que en el siglo XI ya podíamos encontrar un hisn (plaza fuerte), que posteriormente a finales del siglo XII y principios del siglo XIII daría cobijo a una población. En estos últimos años se encontraron partes de este sistema defensivo medieval que hoy podemos visitar en el Museo del enclave de la muralla (MUDEM).
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El escritor y diplomático murciano Saavedra Fajardo fue nombrado como Ministro Plenipotenciario en el congreso de Münster, en el que se habría de acordar la Paz de Westfalia para culminar así la Guerra de los Treinta Años.
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El caciquismo se consolidó en España durante la Restauración (1874-1923). Los caciques se encargaban de controlar los votos de todas las personas con capacidad de voto de su localidad, lo cual era la base de la alternancia política que la Restauración demandaba.
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En 1924 el molinense Eduardo Linares Lumeras se convierte en miembro del Comité Directivo de la Unión Patriótica en la localidad, debido a la atractiva oferta ofrecida por Primo de Rivera de erradicar el caciquismo.
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Eduardo Linares Lumeras fundó la escuela de Artes y Oficios en Molina de Segura con el fin de conseguir que esos alumnos hicieran de este un lugar mejor, y es por eso que a día de hoy podemos ver un instituto con su nombre.
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Bernabé dedicó gran empeño y esfuerzo en la realización de esculturas para su pueblo natal y para otras de las localidades de la región de murcia, obteniendo así en el año 1951 el Premio Salzillo por el grupo escultórico San juan de Dios. Es también esta la razón por la que se decidió dotar a una de las calles de la ciudad con su nombre.
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García Aguilar fue un gran escritor Molinense que a día de hoy recibe una placa en el paseo de las letras del municipio y una biblioteca en su conmemoración.
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Conchita Abellán fue nombrada Hija Predilecta de Molina y se le asignó su nombre a una de sus avenidas dada la gran cantidad de esfuerzo y tiempo que dedicó a su trabajo como comadrona en la localidad