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Las tribus de aquel tiempo pensaban que las enfermedades de sus cultivos se daban por culpa de fuerzas y espíritus.
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En la biblia, específicamente en textos de Éxodo se menciona como las plantas se enfermaban por causa de la ira de Dios.
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Hipócrates desarrolla esta teoría en la que se asimilaba que la salud humana se establecía por un equilibrio entre sangre, flema y bilis; mientras que en las plantas sus enfermedades se daban por irregularidades de sus fluidos.
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Girolamo Fracastoro crea la teoría cósmica, el sugiere que las enfermedades se dan por medios astrales e invisibles.
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Surge una teoría que indica que de zonas húmedas como pantanos, agua en mal estado y materia orgánica en descomposición surgían vapores corruptos que enfermaban cultivos y también humanos
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Kircher estudia el origen de las enfermedades, gracias a su observación de estructuras microscópicas en sangre infectada, se cuestiona si las enfermedades son causadas específicamente por entidades astrales.
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A finales del siglo XIX se descubre que la deficiencia de nutrientes en las plantas las puede debilitar y por ende, dejarlas expuestas a enfermedades.
En el siglo XX se descubre que los virus, bacterias y hongos son autores causantes de enfermedades, tanto para humanos como para plantas. -
Miles J. ,Berkeley propuso que el tizón o Phytophthora infestans generaba estructuras fúngicas en las papas que afectaba, su hipótesis de relacionar el hongo directamente como el causante de las enfermedades marcó el inicio de los estudios de fitopatología. Sin embargo su teoría no fue bien recibida en aquel entonces debido a la creencia de que los hongos eran consecuencias de enfermedades y no la causa principal, a esto se le suma la creencia popular en el "miasma"
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Louis Pasteur sienta las bases de la teoría microbiana, al descubrir que los microorganismos generan fermentación en los líquidos, gracias a experimentos realizados en vino y leche.
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Anton de Bary finalmente demostró que el tizón o Phytophthora infestans sí era la causa de la enfermedad en la papa, este evento marcó un antes y después en la creencia de la teoría microbiana aplicada en la fitopatología. lo que ayudó a consolidar la teoría microbiana en la fitopatología.
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Robert Koch descubre que la bacteria Bacillus anthracis causa Ántrax o Carbunco, aquí está la primera prueba de que las bacterias pueden ser causantes de enfermedades.