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Desde 1977, un grupo de Educadores se dio a la tarea de fundar una institución de formación técnica con el fin de ofrecer carreras intermedias a los bachilleres colombianos.
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Después de haber recibido visitas evaluativas del Ministerio de Educación Nacional, el centro educativo obtuvo el permiso de iniciación de labores para sus programas iniciales de: Tecnología de Plásticos, Electromedicina, Electrónica Industrial y Mecánica Automotriz. Para lo anterior, el Ministerio expidió la Resolución No. 15572 del 25 de octubre de 1978, que concede igualmente la licencia de funcionamiento con el nombre de Escuela Colombiana de Carreras Intermedias.
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El 11 de marzo de 1980, con Resolución No. 03367, la institución recibió la aprobación del plan de estudios para los programas registrados.
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El 28 de marzo de 1985, con la Resolución No. 2683 es otorgada por las autoridades competentes la personería jurídica de la Escuela.
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A partir de la Ley 30 de 1992, se dio la posibilidad de crear nuevos programas y cumpliendo los requerimientos de ley, la Escuela registró los siguientes programas técnicos profesionales: Mecánica Industrial, Ciencias de la Computación, Telecomunicaciones, Desarrollo Ambiental, Desarrollo Empresarial, Diseño de Modas, Gestión Tributaria y Aduanera, así como Comercio Exterior y Negocios Internacionales.
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El 22 de septiembre de 1995 se firmó el convenio interinstitucional de mutua colaboración entre la universidad Santiago de Cali y la ECCI, suscrito por los rectores de cada uno de los centros de educación.
El objetivo era fomentar actividades conjuntas en planes de formación académica, intercambio de docentes y alumnos, intercambio de espacios físicos y servicios, coordinar e incentivar proyectos de investigación y de desarrollo tecnológico, asesoría y asistencia mutua. -
El 20 de noviembre de 1999, la Agrupación Internacional de Mercadotecnia y Calidad otorgó a este centro Docente, la, World Wide Prestige Award (WPA).
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El 19 de agosto de 2014 mediante Resolución 13370 del Ministerio de Educación Nacional, la Institución es reconocida como Universidad ECCI.
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En 2017 se celebraban 40 años de trayectoria de la UNIVERSIDAD ECCI. Junto a la recertificación por ICONTEC. también se dio la inauguración de la Sede M
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30 de Noviembre de 2018 Inauguración de la nueva sede «Crisanto Luque» ubicada en el centro de Bogotá.
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Inauguración de CEINTECCI (Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia)
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Apertura de la Sede Sur, ubicada en la localidad de Bosa, donde antiguamente se encontraba la sede de Protabaco.
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El Ministerio de Ciencias, Tecnología e Innovación otorgó a la universidad ECCI el reconocimiento de su Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia (CEINTECCI).