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Durante estas décadas se origina el conflicto armado interno en Colombia, con la aparición de grupos guerrilleros como las FARC y el ELN. Estas organizaciones comienzan a incursionar en zonas rurales del país, incluido el departamento del Chocó, aprovechando la débil presencia del Estado. Aunque en Tadó la violencia no era constante en ese momento, se sentaron las bases para futuras afectaciones al municipio y sus comunidades.
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En los años noventa se intensifica el conflicto armado en el Chocó con la llegada y consolidación tanto de guerrillas como de grupos paramilitares. Estos actores armados buscan controlar el territorio por su ubicación estratégica y recursos naturales. En Tadó, esta expansión genera un aumento del temor, la restricción de la movilidad y el inicio de amenazas contra la población civil.
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Como consecuencia directa de los enfrentamientos armados, las amenazas y el control territorial, numerosas familias del municipio de Tadó se vieron obligadas a abandonar sus hogares. El desplazamiento forzado afectó gravemente las condiciones de vida de la población, rompiendo el tejido social y generando crisis humanitarias, especialmente en comunidades rurales y afrodescendientes.
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La masacre de Bojayá en 2002 evidenció ante el país y la comunidad internacional la gravedad del conflicto armado en el Chocó. Aunque este hecho no ocurrió directamente en Tadó, tuvo un impacto regional importante, aumentando la militarización, la estigmatización de las comunidades locales y la visibilización de los riesgos constantes para la población civil del departamento.
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Durante este periodo se desarrollan los procesos de desmovilización de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC). En el municipio de Tadó, este proceso generó una disminución temporal de algunos hechos violentos; sin embargo, también produjo vacíos de poder que posteriormente fueron ocupados por otros grupos armados ilegales, prolongando la situación de violencia e inseguridad.
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En estos años se fortalecen economías ilegales como la minería ilegal y el narcotráfico en zonas del Chocó. En Tadó, estas actividades se convierten en una fuente de financiación para los grupos armados, lo que incrementa la violencia, la explotación ambiental y las vulneraciones a los derechos humanos de las comunidades locales.
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La firma del Acuerdo de Paz entre el Estado colombiano y las FARC representó un momento clave en la historia del conflicto armado. En Tadó, este proceso generó expectativas de paz y reducción de la violencia. No obstante, la salida de las FARC de algunos territorios provocó nuevas disputas entre otros grupos armados por el control de la zona.
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Tras el acuerdo de paz, la presencia de disidencias de las FARC, el ELN y bandas criminales mantuvo la violencia en el municipio. Durante este periodo se registraron amenazas, reclutamiento forzado de jóvenes y nuevos desplazamientos, lo que evidencia que el problema del conflicto armado en Tadó continúa afectando gravemente a la población.
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En los últimos años, líderes comunitarios, organizaciones sociales y algunas instituciones han impulsado acciones para hacer frente a la violencia, como el acompañamiento a víctimas, la defensa de los derechos humanos y la promoción de iniciativas de paz. Estas acciones buscan fortalecer la resiliencia comunitaria y reducir el impacto del conflicto armado en el municipio de Tadó.