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En el año 1808, el Imperio napoleónico usurpa el trono del rey fernando VI. Frente al vacío de poder qué esta situación generó, empezó a sonar entre las colonias una idea de autogobierno e independencia.
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Se dice que a partir del 20 de julio de 1810, comenzó el proceso de independencia de Colombia (en ese entonces la Nueva Granada) de la colonización española.
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El 20 de julio de 1810 se redactó el acta de independencia de Colombia (en esa época Nueva Granada)
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Durante este periodo de tiempo, se desató al interior de la Nueva Granada una guerra entre los que recientemente se habían independizado, pues se buscaba determinar qué tipo de forma de gobierno debía ser utilizada después de la Independencia, esto quiere decir, una guerra entre los centralistas y federalistas
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En 1814, Fernando VII es restituido en el poder y decide terminar con el proceso independentista que se daba en la Nueva Granada y recuperar las colonias
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En agosto de 1815, llega el ejército español,comandado por Pablo Murillo acompañado de Juan Sámano a las costas de Cartagena de indias, con más de 12,000 naves y grandes barcos de guerra con la misión de recuperar la Nueva Granada.
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Durante este periodo de tiempo, los españoles intentaron recuperar el territorio de Nueva Granada para restaurar el virreinato Y terminar con los movimientos Libertadores e independentistas
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En 1816, Morillo llegó a Santa Fe y restableció el virreinato a sus autoridades. Es en este momento cuando las autoridades españolas, al retomar el mando, impulsan las ejecuciones, destierros, persecuciones y embargos contra los líderes revolucionarios.
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Durante este periodo de tiempo se encarcelaron, sentenciaron y asesinaron varios líderes independentistas criollos que pasaron sus ultimo días recluidos como prisioneros en la universidad del Rosario.
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por medio de una carta, el 11 de junio de 1816, El rector vigente de el Colegio del Rosario, Domingo Tomás de Burgos, fue notificado acerca de la orden del General Pablo Morillo de embargar el colegio del Rosario (así como también se embargaría el colegio de Santo Tomás) para ser adaptado y utilizado como cárcel.
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El Doctor José Gregorio Gutiérrez y Moreno estuvo preso como su padre en la cárcel del colegio del Rosario. Se Recuerda la triste y dolorosa escena en la que imploró por la bendición de su padre antes de ser fusilado el 6 de julio de 1816.
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Entre los ajusticiados por Pablo morillo, estuvo también Camilo Torres, estudiante de jurisprudencia del colegio mayor de Nuestra Señora del Rosario y otro de los líderes independentistas asesinados. Fue ejecutado el 5 de octubre de 1816
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Entre los ajusticiados por Pablo Murillo, se encontraba Francisco José de caldas, colegial, catedrático, consiliario y científico del colegio mayor de la Universidad del Rosario, quién fue recluido en la prisión en la que se había convertido la universidad, y el 29 de octubre de 1816 fue asesinado por Pablo Murillo y sus hombres
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Para abril de 1817, el rector y las autoridades realistas mantendrían una serie de audiencias en donde se haría oficial el pedido de Burgos para la devolución del Colegio.
El rector apeló a la importancia de la educación para el Reino y resalta que el embargo del Colegio se encuentra en contra de las leyes y constituciones dictadas por Fernando VI. -
Después del difícil proceso que llevó Burgos y sus aliado, el 16 de mayo de 1817 las autoridades españolas (específicamente Sámano) devolvieron el colegio mayor de Nuestra Señora del Rosario al rector para ser restaurado como Centro Educativo, y a partir de la fecha, volvió a dedicarse a la educación.
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Policarpa Salavarrieta era conocida por esconder a Patriotas Fugitivos que se encontraban en la cárcel para infundirles ánimo. Fue entonces aprisionada en un calabozo del colegio del Rosario y y fusilada el 14 de noviembre de 1817, a nombre de la reconquista española.
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La batalla de Boyacá fue una lucha por el territorio de la Nueva Granada entre el ejército realista y el independentista. Finalizó con el triunfo de los Independentistas y la retirada de los español.
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Las tropas realistas inician su desplazamiento hacia Santafé con el objetivo de llegar a la capital y unir fuerzas con el virrey Sámano para así derrotar a Bolívar y el ejército independentista, su elección de vida fue el puente de Boyacá con dirección a Santa Fe
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Al enterarse Bolívar de la situación, ordena que su ejército marche también hacia el puente de Boyacá para impedirles el desplazamiento hacia la capital.
