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Fue hijo de Miguel Condorcanqui Usquiconsa y Carmen Rosa Noguera Valenzuela. Realizó sus estudios con los jesuitas del Colegio San Francisco de Borja del Cuzco.
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Tupac Amaru se casó con Micaela Bastidas un 25 de Mayo de 1760, trayendo así a sus tres hijos: Hipólito (1761), Mariano (1762) y Fernando (1768).
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José Gabriel Condorcanqui adopta el nombre de Túpac Amaru II por su ante pasado inca. El fin de todo el movimiento era luchar contra los abusos de los españoles y el coro indebido a los tributos indígenas.
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Hizo una emboscada a Antonio Arriaga, haciéndole firmar una carta falsa donde fueron remitidos 22 000 pesos, barras de oro, mosquetes y mulas. Todo eso serviría para su movimiento.
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Esta batalla es la primera que lleva a cabo en esta revolución y la cual pone en alerta a las autoridades coloniales, debido a que crean un ambiente en busca de libertad entre los indígenas, mestizos, esclavos y criollos que se unían al movimiento.
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se retiró a Combapata, pero fue traicionado por el criollo Francisco Santa Cruz. A lo cual, la semana siguiente, se inicio su tortura, con el fin de que revele el nombre de cada uno de sus colaboradores. Así hasta ver a su esposa e hijos morir para finalmente ser ejecutado.
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El número final de muertos se estima en 100.000 indios y entre 10.000 y 40.000 no indios.
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Sus parientes sobrevivientes, a saber, su primo Diego Cristóbal Túpac Amaru, continuaron la guerra, aunque usando tácticas de guerrilla, y transfirieron el punto focal de la rebelión a las tierras altas de Collao alrededor del lago Titicaca. La guerra también fue continuada por la comandante femenina de Túpac Katari llamada Bartola Sisa.