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La Universidad se adhiere al Plan de Iguala. Pasa de Real → Imperial (Iturbide) → Nacional (República).
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→ Primera clausura de la Universidad (Congreso de Jalisco).
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Gobernador Prisciliano Sánchez funda el Instituto de Ciencias.
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Se inaugura el Instituto.
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Gobernador José Antonio Romero decreta la primera restauración de la Universidad.
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Plan General de Enseñanza Pública suprime la Universidad y restablece el Instituto + Liceos.
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Por gestión de Mariano Hurtado, se permite la coexistencia de Universidad e Instituto.
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Gobernador José María Yáñez ordena la fusión del Instituto en la Universidad
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Con el Plan de Ayutla, gobernador Santos Degollado decreta la segunda clausura de la Universidad.
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General Leonardo Márquez restaura por segunda vez la Universidad.
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Rector Juan Nepomuceno Camarena; Claustro protesta contra Leyes de Reforma y Tratado McLane-Ocampo.
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Gobernador Pedro Ogazón decreta la tercera clausura de la Universidad.
Se restablece definitivamente el Instituto de Ciencias + Liceos.