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Claudio debutó em el club chimbotano a los 18 años
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Pizarro llegó al club íntimo, quedándose dos temporadas, marcando 25 goles y dando el gran salto al fútbol extranjero.
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Weder Bremen fue su primer equipo en el extranjero, logró marcar 29 tantos en dos temporadas, ganándonse el titulo del "Bombardero de los andes"
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En su primera temporada con el equipo bávaro alzó la Copa Intercontinental.
En el 2002 - 2003 se coronó con el título de la Bundesliga, además campeón de la copa de alemana.
En el 2004 - 2005 consiguió el bicampeonato de la Bundesliga.
En el 2005 - 2006 volvio a llevarse la copa alemana.
En el 2007 Pizarro dejó el club. -
Claudio llegó al equipo londinense a pedido del técnico portugués José Mourinho.
Pero no todo fue color de rosa ya que fue muy criticado por la prensa y su rendimiento fue bajando a causa de la gran competencia que tenia por el puesto con, Didier Drogba, Shevchenko y Anelka.
El portal Goal.com consideró a Pizarro entre los 10 peores fichajes de la temporada en la FA Premier League inglesa. -
En la temporada 2008-2009, Pizarro acumuló 28 goles en 46 encuentros.
Regresó al Chelsea en junio del 2009, y aunque disputó partidos con el Chelsea en el World Football Challenge, no tenía la confianza del entrenador Carlo Ancelotti, por lo que Pizarro regresó al Werder Bremen el 18 de agosto del mismo año, pero esta vez fue comprado.
En la temporada 2009-2010 se convirtió en el máximo goleador de la UEFA Europa League 2009-10, con 9 goles anotados en sólo 8 partidos. -
En el 2013 Claudio Pizarro se consagró nuevamente campeón en la Bundesliga.
El 25 de mayo del 2013 Claudio Pizarro se consagró campeón de la Champions League 2012-13 con el Bayern Múnich que vencieron en la final 2-1 al Borussia Dortmund con un gol a los 89 minutos. El ‘Bombardero’ es el segundo peruano en alzar la ‘Orejona’ junto a Víctor Benítez. -
El ‘Bombardero’ firmó por una temporada hasta el 30 de junio de 2016.