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Todo comenzo en 1924 , año en que se fundó como club en el barrio Rebolo de Barranquilla (Colombia)
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llegan al equipo el volante argentino Eduardo "El Indio" Solari y Alfredo "El Maestrico" Arango. Vuelve el defensa Jesús "El Toto" Rubio.
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vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali
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vuelven Alexis Mendoza, Miguel "Niche" Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia:36 Carlos "El Pibe" Valderrama.
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queda campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.40
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En el 2004 llega al equipo Omar Sebastián Pérez, en su primera experiencia en Colombia y sin gran cartel, comandando al equipo hacia el quinto campeonato de la Primera A, teniendo como técnico a Miguel Ángel "El Zurdo" López
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llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Román Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay 4-2.
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se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viafara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia,
