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En el club Atletico Mexiquense (Filial del toluca), Contra Dorados de sinaloa.
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Se produjo el 14 de agosto de 2004 en la visita del toluca a necaxa en el estadio victoria de Aguascalientes Aquel partido lo gano toluca 1 a 0.
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Debuto con el toluca el 21 de febrero de 2007.en el triunfo de visita al Cienciano por 2 a 1.
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Llego como refuerzo para el Apertura 2008, Su debut se produjo visitando a los Academicos de Atllas.
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El 2 de diciembre de 2012 tras haber ganado la final del Apertura 2012 contra Toluca de la mano del tecnico Antonio Mohamed
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El 02 de mayo del 2017, Juan Carlos Nuñez toma la dificil desicion de retirarse del futbol tras una expulsion.
